Với những sai phạm liên quan như đã nêu, Cơ quan điều tra đã kiến nghị cấp có thẩm quyền xử lý theo quy định về Đảng, chính quyền đối với ông Huỳnh Thành Đạt, Trần Văn Tùng, Nguyễn Đình Hậu… cùng một số đối tượng có liên quan đến quản lý đề tài, khen thưởng, thông tin tuyên truyền đề tài nghiên cứu chế tạo test xét nghiệm.
Đối với cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Trường Sơn, cơ quan điều tra cáo buộc ông này, biết test xét nghiệm là sản phẩm thuộc đề tài nghiên cứu do Bộ KH&CN giao Học viện Quân y chủ trì, là tài sản thuộc sở hữu Nhà nước; các hồ sơ, tài liệu do Công ty Việt Á cung cấp không đầy đủ theo quy định.
Tuy nhiên, do tham mưu của Nguyễn Minh Tuấn (cựu Vụ trưởng Trang thiết bị và Công trình y tế, Bộ Y tế), ông Sơn vẫn ký quyết định cấp số đăng ký lưu hành tạm thời test xét nghiệm cho Việt Á.
Sau đó, tuy test xét nghiệm vẫn thuộc quyền sở hữu của Bộ KH&CN, Bộ chưa có quyết định giao quyền sở hữu cho Việt Á nhưng vẫn theo tham mưu của Tuấn, ông Sơn đã ký quyết định cấp số đăng ký lưu hành chính thức cho doanh nghiệp.
Từ đó, Việt Á đã sản xuất, kinh doanh test xét nghiệm thu lợi trái phép, gây thiệt hại cho nhà nước, tổ chức, cá nhân.
C03 đánh giá, hành vi của ông Sơn có dấu hiệu của tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Kết quả điều tra xác định việc ông Sơn ký các quyết định trên không phải là nhiệm vụ thường xuyên; cựu Thứ trưởng cũng không thông đồng, thỏa thuận để làm lợi cho Việt Á, không được hưởng lợi, không có động cơ vụ lợi hay động cơ cá nhân khác.
Ông Sơn đã bị kỷ luật về mặt Đảng và chính quyền, vì vậy, Bộ Công an không khởi tố bị can để điều tra.
Còn cựu Thứ trưởng Trương Quốc Cường cũng liên quan đến cấp số đăng ký lưu hành test xét nghiệm và kiểm tra giá hiệp thương. Tuy nhiên, cơ quan điều tra xác định ông này không thông đồng, thỏa thuận để làm lợi cho Phan Quốc Việt và doanh nghiệp; không được hưởng lợi, không có động cơ vụ lợi hay động cơ cá nhân khác. Do đó, cơ quan điều tra không xem xét trách nhiệm hình sự.
Theo kết luận điều tra, ông Nguyễn Thanh Long, cựu Bộ trưởng Y tế có hành vi nhận 2,25 triệu USD.
Ông Chu Ngọc Anh nhận 200.000 USD từ Phan Quốc Việt.
Ông Phạm Xuân Thăng nhận 100.000 USD (tương đương hơn 2,3 tỷ đồng) từ Phan Quốc Việt; nhận 600 triệu đồng và 50.000 USD từ Phạm Duy Tuyến, khi đó là Giám đốc CDC tỉnh Hải Dương.