Bà Nhàn là người thành lập, xây dựng và điều hành toàn bộ hoạt động của AIC và các công ty thành viên để phục vụ cho việc đấu thầu của AIC.
Tại dự án Bệnh viện Sản - Nhi Quảng Ninh, Nhàn chỉ đạo nhân viên liên hệ với cán bộ Ban Quản lý dự án Sở Y tế tỉnh Quảng Ninh để thông đồng về thông số kỹ thuật, cấu hình, đơn giá trang thiết bị y tế mua sắm.
Bà Nhàn còn chỉ đạo cấp dưới điều chỉnh số liệu báo cáo tài chính các năm 2010 - 2013 để đảm bảo Công ty AIC có đủ năng lực tham gia dự thầu.
Ngoài ra, Nguyễn Thị Thanh Nhàn giao thuộc cấp mua hồ sơ mời thầu, lập hồ sơ dự thầu cho "quân đỏ"; là Công ty AIC và Công ty Mopha. Đồng thời sử dụng các công ty khác làm "quân xanh"; trợ giúp "quân đỏ" trúng thầu.
VKS xác định với sáu gói thầu sai phạm, bà Nhàn và đồng phạm đã gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 50 tỉ đồng.
Để AIC trúng thầu còn có hành vi giúp sức của các bị cáo thuộc Công ty AIC và các công ty có liên quan. Ngoài ra, còn có hành vi tạo điều kiện của các bị cáo thuộc chủ đầu tư và hành vi thiếu trách nhiệm của các bị cáo thuộc cơ quan quản lý nhà nước trong quá trình thực hiện kế hoạch đấu thầu.
Anh trai bà Nhàn là ông Nguyễn Anh Dũng cũng bị xét xử trong vụ án này. Ông Dũng đứng tên TGĐ Công ty Phúc Hưng giúp em gái và ký các hồ sơ giấy tờ làm quân xanh.
Cơ quan công tố xác định Dũng đã thực hiện hành vi thông thầu, giúp Công ty AIC trúng năm gói thầu, gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền gần 24 tỉ đồng.