Với chiều dài hơn 16km và có tổng mức đầu tư hơn 383 tỷ đồng. Dự án cải tạo, nâng cấp mặt đê sông Hồng (đoạn từ thị trấn Phú Minh đến xã Quang Lãng), huyện Phú Xuyên đang được Hà Nội triển khai thực hiện.
Hầm Thần Vũ dài 1,13km, vốn đầu tư 1.350 tỷ đồng, nằm ở lưng chừng núi, nơi có nền địa chất phức tạp, đá phong hóa mạnh. Đây là hạng mục được xác định là khó khăn, phức tạp nhất cao tốc Bắc - Nam.
Chủ đầu tư cho rằng do lũ quét đột ngột, lưu lượng lớn, tốc độ dòng chảy cao làm vỡ một phần tường bê tông phục vụ thi công đập tràn tự do của Nhà máy thủy điện la Glae 2.
Với chiều dài vượt lòng hồ chứa nước thủy lợi lên đến gần 1 km, cầu trên cao tốc Bắc Nam đoạn qua hồ Yên Mỹ (huyện Nông Cống, Thanh Hóa) đang là cầu có chiều dài vượt hồ nước dài nhất trên đoạn Hà Nội - Thanh Hóa.