Quân đội tổ chức thống nhất trong toàn quân thời kỳ này gồm các vệ. Quân Cấm vệ ở kinh đô, được biên chế dưới vệ có các ty, còn ở 13 đạo (thường mỗi đạo có 1 vệ) có các sở Thiên hộ và Bách hộ, với quân số khoảng 5 - 6 nghìn người. Một số đạo do vị trí địa lý và có tầm quan trọng hơn các địa phương khác được tổ chức lực lượng Giang hải tuần kiểm. Quân ở các đạo do ty Đô quản lý dưới sự chỉ huy trực tiếp của Tổng binh sứ.
“Binh chế chí” viết rằng thời Lê Thánh Tông: “Đại ước 5.600 người làm một vệ, 2.120 người làm một sở thiên hộ, 120 người làm một sở bách hộ”.
Đầu thời Lê trung hưng, quân đội được chia làm năm dinh khuông mang tên Trung khuông, Tả hữu khuông, Tiền hậu khuông, dưới dinh là cơ, đội. Đến thời Lê Dụ Tông, năm 1722, đặt quân đội làm 6 dinh như các dinh Trung dực, Trung uy, mỗi dinh có 800 quân.
Thời Nguyễn, năm Gia Long năm thứ 5 (1806), triều đình định ngạch cho các quân thủy bộ trong ngoài. Theo đó, quân đội chia thành vệ, đội, thập.
Sử nhà Nguyễn, bộ “Đại Nam thực lục” cho biết: Các vệ Thị trung, mỗi vệ 600 người, có một vệ úy và một phó vệ úy; mỗi vệ 5 đội, mỗi đội 120 người, có một cai đội và một phó đội; đội chia 8 thập, mỗi thập 15 người, có một đội trưởng và một suất thập.
Các thuyền Trung hầu mỗi thuyền 60 người, có một cai đội. Các đội Uy chấn mỗi đội 60 người, có một cai đội, mỗi thuyền đội đều 4 thập, mỗi thập 15 người, có một đội trưởng và một suất thập.
Vệ Nội trực, vệ Phấn dực, Nội thủy, các vệ quân Thần sách, mỗi vệ 600 người, có một vệ úy và một phó vệ úy, mỗi vệ 10 đội, mỗi đội 60 người, có một cai đội, mỗi đội 4 thập, mỗi thập 15 người, có một đội trưởng và một suất thập.
Các vệ cơ ở các quân, mỗi vệ 500 người, có một vệ úy và một phó vệ úy, mỗi cơ 500 người, có một quản cơ và một phó quản cơ; vệ cơ đều 10 đội, đội 50 người, có một cai đội; mỗi đội 4 thập, mỗi thập 12 người, có một đội trưởng và một suất thập.
Còn với Thủy quân, lớn nhất là cơ, mỗi cơ 600 người, có một quản cơ và một phó quản cơ; mỗi cơ 10 đội, mỗi đội 60 người, có một cai đội; mỗi đội 4 thập, mỗi thập 15 người, có một đội trưởng và một suất thập.
Tượng binh triều Nguyễn cũng đặt theo đơn vị là vệ và cơ, phân bố đều ở kinh thành và các tỉnh, mỗi cơ từ 20 - 40 con voi chiến cùng lính tượng binh, quản tượng, phu phục dịch, thú y... tương ứng.