Ủy ban sông Mê Kông Việt Nam có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành, liên quốc gia trên lưu vực sông Mê Kông, bao gồm cả các Lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam.
Đồng thời, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các Bộ, ngành, địa phương, các tổ chức, đối tác quốc tế, khu vực, trong nước và các cá nhân có liên quan trong theo dõi, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các hoạt động liên ngành trên lưu vực sông Mê Kông, bao gồm cả các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam.
Ngoài ra, Uỷ ban có nhiệm vụ theo dõi, giám sát diễn biến tài nguyên nước, các hoạt động sử dụng, bảo vệ, phát triển bền vững tài nguyên nước và tài nguyên liên quan trên lưu vực sông Mê Kông nhằm đảm bảo sử dụng công bằng và hợp lý nguồn nước sông Mê Kông, bảo vệ quyền lợi của Việt Nam thông qua quy hoạch tổng thể, các dự án hợp tác và nghiên cứu khoa học công nghệ cho lưu vực, đặc biệt là các dự án trên dòng chính.