Theo đề án nghiên cứu, khi đi vào hoạt động và đạt công suất thiết kế, Cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ sẽ đóng góp cho ngân sách từ 34.000 - 40.000 tỷ đồng/năm, thông qua thu thuế từ hoạt động bốc xếp, lưu bãi của doanh nghiệp cảng; thuế thu nhập doanh nghiệp; các loại phí, lệ phí hàng hải từ tàu vào, rời cảng; phí thuê mặt nước và thuế xuất nhập khẩu hàng hóa.
