Theo kết luận điều tra, do Vũ Liên Oanh quen biết Hoàng Thị Thuý Nga từ trước, nên được Nga đến đặt vấn đề về việc thực hiện Dự án đầu tư trang thiết bị giáo dục mầm non năm 2016. Do đó, Oanh và Nga đã trao đổi, thống nhất về việc giao cho nhân viên của Oanh phối hợp với nhân viên của Nga thực hiện lập dự án và cung cấp thiết bị cho gói thầu mua sắm của dự án. Sau đó Oanh chỉ đạo 3 bị can cấp dưới phối hợp với nhân viên của Nga lập dự án và để cho công ty do Nga chỉ định thực hiện cung cấp thiết bị cho gói thầu mua sắm.
Cùng với đó, Nga đã phân công, chỉ đạo nhân viên cấp dưới thực hiện hành vi vi phạm theo quy trình 93 bước và giao cho Trần Thị Thanh Xuân, Trần Ngọc Thắng, Giám đốc Công ty MQF phụ trách khối giáo dục thực hiện và chỉ đạo toàn bộ mảng công việc liên quan đến thiết bị giáo dục từ khâu lập dự án, tính toán giá sản phẩm, lập hồ sơ dự thầu, làm hồ sơ "quân xanh", "quân chính" để đấu và trúng thầu.
Để che giấu hành vi vi phạm pháp luật, Oanh đã chỉ đạo cấp dưới phối hợp cùng với nhân viên của Hoàng Thị Thuý lập dự án và hợp thức hồ sơ chỉ định thầu cho công ty VNNew lập dự án; chỉ đạo Phạm Thị Hạnh phối hợp với nhân viên công ty Gia Lộc để phát hành chứng thư thẩm định giá theo đúng giá thiết bị, giá gói thầu mà Hoàng Thị Thuý Nga đưa ra. Sau đó, tạo điều kiện cho Công ty NSJ hoặc liên danh công ty Toàn Thịnh - Tràng An do Nga chỉ định trúng gói thầu mua sắm.
Hoàng Thị Thúy Nga chỉ đạo nhân viên Công ty NSJ, MQF tính toán chi phí và lợi nhuận công ty, sau khi trừ các chi phí hợp lý, hợp lệ và các chi phí không hợp lệ (chiếm khoản 30%) như: Chi phí tư vấn, chi phí xử lý tư vấn, chi phí tư vấn dự án huỷ (thực chất là tiền chi lại quả cho các cá nhân tại Sở GD-ĐT) thì mỗi gói thầu công ty phải đạt lợi nhuận từ 8 đến 12%...
Từ những thủ đoạn nêu trên, trong giai đoạn 2016 - 2019, công ty của Hoàng Thuý Nga hoặc công ty do Chủ tịch công ty NSJ Group chỉ định đã trúng tổng giá trị 6 gói thầu thuộc 6 dự án là hơn 636 tỉ đồng. Trong đó 2 gói thầu 2019 có giá trị 323 tỉ đồng, gây thiệt hại cho Nhà nước là 80 tỉ đồng. Sau khi thực hiện các dự án, Hoàng Thị Thuý Nga đưa Vũ Liên Oanh 14 tỉ đồng, đưa Ngô Vui 14,8 tỉ đồng và đưa Hà Huy Long 1,8 tỉ đồng.
Trong vụ án này, cựu giám đốc Sở GD-ĐT Vũ Liên Oanh bị cơ quan điều tra cáo buộc có vai trò chủ mưu, cầm đầu cùng Hoàng Thị Thúy Nga. Trong quá trình điều tra, bà Oanh "tự nguyện và mong muốn" gia đình nộp 14 tỉ đồng khắc phục hậu quả song chưa được. Cảnh sát đã kê biên 8 bất động sản của bà Oanh để đảm bảo thi hành án. Các bị can Ngô Vui và Hà Huy Long đã nộp lại tiền nhận từ Hoàng Thị Thúy Nga.