Cơ quan điều tra cáo buộc bị can Thu đã ký 2 tờ trình để bị can Đinh Quốc Thái ra quyết định phê duyệt dự án và quyết định duyệt lại dự án, bổ sung thêm chi phí thiết bị với số tiền lên đến 754 tỷ đồng, nâng mức đầu tư dự án lên 1.900 tỷ đồng trái quy định.
Theo kết luận điều tra, trước khi bị can Thái ký quyết định bổ sung chi phí thiết bị cho dự án, bị can Thu đã báo cáo việc xin vốn sẽ gặp khó khăn nhưng được bị can Trần Đình Thành nói: "Để anh liên hệ với Nhàn nhờ Nhàn hỗ trợ việc xin vốn từ Trung ương". Sau đó, việc xin vốn diễn ra thuận lợi, bà Thu hiểu rằng bà Nguyễn Thị Thanh Nhàn đã tác động đến cơ quan Trung ương để hỗ trợ tỉnh Đồng Nai trong việc tăng vốn cho dự án.
Làm việc với cơ quan điều tra, cựu Giám đốc Sở KH-ĐT Đồng Nai cho biết đã thực hiện theo chỉ đạo của các bị can Trần Đình Thành và Đinh Quốc Thái nhằm nhanh chóng hoàn chỉnh hồ sơ nhờ Nguyễn Thị Thanh Nhàn xin vốn cho tỉnh.
Bị can Bồ Ngọc Thu thừa nhận đã gặp gỡ, tiếp xúc với bà Nhàn và bị can Trần Mạnh Hà, cựu Phó tổng Giám đốc Công ty AIC, tại các bữa tiệc liên hoan do Công ty AIC tổ chức. Theo đó, bị can đã nhiều lần nhận quà từ Công ty AIC.
Cụ thể, trong năm 2010, vào các dịp lễ, tết, bị can Thu được bà Nhàn và Hà biếu quà nhiều lần, từ 10 đến 50 triệu đồng, có lần lên tới 300 triệu đồng. Ngoài ra, khoảng tháng 9/2015, thời điểm bà Thu bàn giao công việc chuẩn bị nghỉ hưu, bà Nhàn cùng cấp dưới đã đến phòng làm việc của bà Thu biếu 500 triệu đồng.
Khi gặp để gửi quà cho bà Thu, cựu Chủ tịch Công ty AIC có nói: Nhờ quan tâm giúp đỡ doanh nghiệp (là Công ty AIC) và mọi việc bà Nhàn đã báo cáo bí thư rồi.
Cơ quan điều tra xác định tổng số tiền quà biếu nữ cựu Giám đốc Sở KH-ĐT Đồng Nai đã nhận từ bà Nhàn và Hà là 1 tỷ đồng. Số tiền này, bị can Thu chỉ dùng chi tiêu, mua sắm cá nhân.