Theo cáo buộc của Viện KSND tối cao, ông Dũng với cương vị Thứ trưởng, phụ trách Cục Lãnh sự, có nhiệm vụ chỉ đạo, phê duyệt kế hoạch tổ chức thực hiện "chuyến bay giải cứu" đưa công dân về nước khi xảy ra COVID-19.
Ông trực tiếp tham mưu, đề xuất lãnh đạo Chính phủ xét duyệt, cấp phép chuyến bay trên ý kiến thống nhất của Tổ công tác 5 Bộ (Ngoại giao, Y tế, Công an, Giao thông vận tải, Quốc phòng).
Từ đầu 2020 - 2021, cơ quan chức năng đã cấp phép và tổ chức hơn 1.000 chuyến bay, đưa hơn 200.000 công dân từ 62 quốc gia, vùng lãnh thổ về nước. Từ tháng 4/2020 - 1/2022, Cục Lãnh sự Bộ Ngoại giao đã đề xuất lãnh đạo Chính phủ phê duyệt tổ chức 772 chuyến bay đưa công dân về nước, trong đó có 400 chuyến bay giải cứu, 372 chuyến bay combo.
Theo cơ quan tố tụng, từ tháng 5/2020 - 1/2022, biết vai trò của ông Dũng, 13 cá nhân đại diện cho nhiều doanh nghiệp đã tìm cách tiếp cận, đặt vấn đề để được giải quyết thủ tục. Trong lần gặp đầu tiên, ông Dũng đồng ý với đại diện 13 doanh nghiệp về việc sẽ hỗ trợ, chỉ đạo cấp dưới tại Cục Lãnh sự làm thủ tục giúp cấp phép chuyến bay, tổ chức chuyến bay combo.
Hai bên không thỏa thuận nhưng ông Dũng và các doanh nghiệp đều hiểu sẽ có "phần tiền cảm ơn", cơ quan điều tra cáo buộc.
Theo đó, lần đầu tiên vào tháng 5/2020 tại phòng làm việc ở Bộ Ngoại giao, ông Dũng gặp Hoàng Diệu Mơ (Tổng Giám đốc Công ty TNHH thương mại du lịch và dịch vụ hàng không An Bình) và đã giới thiệu công ty của bà Mơ với hãng hàng không Vietnam Airlines để tổ chức chuyến bay combo.
Cơ quan điều tra xác định, từ tháng 12/2020 - 1/2022, ông Dũng đã 8 lần nhận tiền của Mơ (8,5 tỷ đồng); 29 lần nhận tiền các doanh nghiệp khác tại phòng làm việc, nhà riêng, quán cà phê. Tổng cộng, ông Dũng nhận hối lộ 14,1 tỷ đồng và 320.000 USD.