Tại cơ quan điều tra, ông Trịnh khai, với Phan Quốc Việt quen nhau từ 2017, trong một chuyến dự khai trương phòng khám theo mô hình xã hội hóa tại TPHCM.
Ngày 13/2/2020, Việt nhắn tin cho Trịnh báo cáo việc Công ty Việt Á đã phối hợp với Học viện Quân y nghiên cứu, sản xuất thử nghiệm thành công test xét nghiệm Covid-19, chuẩn bị lập hồ sơ gửi Bộ Y tế xin cấp số đăng ký lưu hành và nhờ Trịnh quan tâm giúp đỡ.
Một ngày sau, bị can Nguyễn Huỳnh gọi điện cho Trịnh nói có văn bản số 465 của Bộ Y tế do ông Hà Anh Đức, Phó Chánh Văn phòng Bộ ký, thông báo kết luận cuộc họp giao ban lãnh đạo Bộ Y tế, trong đó có nội dung “Phân công ông Nguyễn Trường Sơn chỉ đạo các cơ sở y tế trên cả nước liên hệ Công ty TNHH MTV Sinh hóa Phù Sa để mua sinh phẩm xét nghiệm...".
Tối cùng ngày, Huỳnh cùng Phan Quốc Việt gặp Nguyễn Văn Trịnh tại nhà của Trịnh ở phố Vạn Phúc, quận Ba Đình, Hà Nội. Tại đây, Việt đưa cho Trịnh xem ảnh chụp nội dung văn bản số 465 và nhờ Trịnh xử lý giúp để Bộ Y tế ban hành văn bản khác, vì nếu để nội dung này sẽ ảnh hưởng đến cơ hội bán test xét nghiệm do Việt Á chuẩn bị sản xuất sau này, ảnh hưởng đến lợi ích của Công ty, nên Trịnh đồng ý.
Trịnh khai thêm, khoảng 22h55 ngày 15/2/2020, bị can đã gửi email đến địa chỉ email của ông Hà Anh Đức, đề nghị làm rõ một số nội dung trong văn bản số 465. Sau khi nhận được email ông Trịnh gửi, ông Đức gửi lại bản mềm văn bản số 465 cho Trịnh để cựu trợ lý Phó Thủ tướng Chính phủ chỉnh sửa, bỏ nội dung "giao cho ông Nguyễn Trường Sơn chỉ đạo các đơn vị liên hệ với Công ty TNHH MTV Sinh hóa Phù Sa".
Sáng 17/2/2020, ông Trịnh gửi bản mềm văn bản đã được chỉnh sửa lại cho ông Đức. Hôm sau, ông Đức ký văn bản số 724 thay thế văn bản số 465 theo đúng nội dung Trịnh đã chỉnh sửa.
Lời khai ông Trịnh còn thể hiện, trong buổi gặp tối 14/2/2020, Việt báo cáo với ông Huỳnh và Trịnh về việc Công ty Việt Á được bị can Trịnh Thanh Hùng (cựu Phó Vụ trưởng Vụ KH&CN thuộc Bộ KH&CN) giúp đỡ cho phối hợp với Học viện Quân y thực hiện đề tài nghiên cứu sản xuất test xét nghiệm. Hai bên sản xuất thành công và chuẩn bị lập hồ sơ gửi Bộ Y tế xin cấp số đăng ký lưu hành. Do đó, Việt đề nghị Huỳnh, Trịnh "giúp đỡ".
"Trịnh nói với Việt cứ làm các thủ tục để cấp số đăng ký lưu hành với Bộ Y tế, Trịnh sẽ theo sát và chỉ đạo các bộ phận chuyên môn của Bộ, nếu có khó khăn vướng mắc báo lại Trịnh", kết luận nêu và cho rằng, từ "tác động" của ông Trịnh, chiều 4/3/2020, Bộ Y tế đã cấp số đăng ký lưu hành test xét nghiệm cho Công ty Việt Á.
Vẫn theo kết luận điều tra, tháng 5/2020, Việt còn báo cáo Trịnh về việc Công ty Việt Á đã cung cấp test xét nghiệm cho các đơn vị theo kết quả hiệp thương với Bộ Y tế nhưng chưa được thanh toán tiền, dẫn đến Công ty gặp khó khăn lớn về tài chính. Việt nhờ Trịnh theo sát việc Bộ Y tế thanh toán tiền cho Việt Á và hỗ trợ giúp Việt sớm lấy được tiền.
Trịnh sau đó tác động Nguyễn Nam Liên để Việt Á được thanh toán 49 tỷ đồng bằng nguồn tài trợ của ngân hàng cho Bộ Y tế.