Theo cáo buộc, năm 2020, dịch COVID-19 bùng phát nên Chính phủ giao Bộ KH-CN tích cực nghiên cứu, chế tạo sinh phẩm phòng chống dịch. Sau đó, việc nghiên cứu kit test COVID-19 được giao Học viện Quân y chủ trì với kinh phí 18,9 tỉ đồng.
Do quen biết, Phan Quốc Việt đã thông đồng, cấu kết với Trịnh Thanh Hùng tác động tới Chu Ngọc Anh, Phạm Công Tạc quyết định cho Công ty Việt Á được phối hợp thực hiện Đề tài nghiên cứu chế tạo test xét nghiệm. Với mục đích được sản xuất, bán test xét nghiệm thu lời bất chính, Việt đã tiếp tục cấu kết với Trịnh Thanh Hùng, Nguyễn Thanh Long và nhiều bị cáo khác thực hiện nhiều hành vi sai phạm giúp Công ty Việt Á được kiểm định test xét nghiệm; được nghiệm thu giai đoạn 1 của Đề tài để lập hồ sơ gửi Bộ Y tế cấp số đăng ký lưu hành tạm thời, chính thức, biến test xét nghiệm từ sản phẩm thuộc sở hữu của nhà nước thành sản phẩm thuộc sở hữu của Công ty Việt Á.
Khi Việt Á sản xuất thương mại, bán 200.000 test xét nghiệm cho Bộ Y tế, Việt đã nâng khống cơ cấu đơn giá nhưng vẫn được Bộ Y tế hiệp thương, xác định giá 470.000 đồng/kit test không có căn cứ. Sau đó, Bộ Y tế kiểm tra giá hiệp thương, xác định Việt Á thay đổi nguyên vật liệu sản xuất nhưng không ra kết luận kiểm tra, không kiến nghị xử lý, dẫn đến doanh nghiệp này tiếp tục sử dụng mức giá trên, tạo mặt bằng giá để bán cho các đơn vị, địa phương.
Theo cáo buộc của VKSND Tối cao, sau khi được cấp phép lưu hành, Công ty Việt Á sản xuất hơn 8,7 triệu kit test, nâng khống giá rồi bán cho các cơ sở y tế trên khắp cả nước, từ đó thu lợi bất chính hơn 1.235 tỉ đồng. Tính riêng phần tài sản nhà nước, số tiền thiệt hại là hơn 402 tỉ đồng.
Để thực hiện được những sai phạm nêu trên, theo cơ quan tố tụng, Phan Quốc Việt đã đưa hối lộ với tổng số tiền là 3 triệu USD (tương đương hơn 68 tỉ đồng) và 4 tỉ đồng. Trong đó, Việt đã đưa hối lộ Nguyễn Thanh Long (cựu bộ trưởng Y tế) 2,25 triệu USD; Nguyễn Huỳnh (thư ký của ông Long) 4 tỉ đồng; Nguyễn Minh Tuấn (cựu vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế Bộ Y tế) 300.000 USD; Trịnh Thanh Hùng (cựu vụ phó Vụ KH-CN) 350.000 USD; Nguyễn Nam Liên (cựu vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế) 100.000 USD.
Bên cạnh đó, Việt còn chi tiền "cảm ơn" cho ông Nguyễn Văn Trịnh (cán bộ Văn phòng Chính phủ) 200.000 USD; Chu Ngọc Anh (cựu Bộ trưởng KH-CN) 200.000 USD; Phạm Công Trạc (cựu thứ trưởng Bộ KH-CN) 50.000 USD.