Đại diện các trường đại học bày tỏ lo ngại nếu bỏ hội đồng trường thành viên ở đại học quốc gia, đại học vùng có thể gây ảnh hưởng đến quyền tự chủ, khiến hệ thống quá tải, cồng kềnh, kém linh hoạt.
Bộ Giáo dục và Đào tạo đề xuất bỏ hội đồng trường ở các trường đại học thành viên của đại học quốc gia, vùng, nhưng một số hiệu trưởng không đồng tình.
Nhiều điều khoản của Luật Giáo dục đại học và Nghị định dưới luật vẫn xem trường đại học thành viên như các trường ĐH độc lập khác - dẫn đến sự chồng chéo vai trò, chức năng giữa ĐH vùng và trường ĐH thành viên.
