Để thực hiện thành công dự án trên, Bộ GTVT cho rằng, cần phải thực hiện đồng bộ bằng nhiều giải pháp, nguồn lực huy động rất lớn. Do đó, cần sự vào cuộc, phối hợp của các bộ ngành, địa phương nên cần thiết thành lập Tổ công tác giúp Thủ tướng để nghiên cứu xây dựng các cơ chế, chính sách, giải pháp lớn mang tính tổng thể, liên ngành và chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các đơn vị trong quá trình xây dựng Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam.
Tổ công tác do Thủ tướng làm tổ trưởng, tổ phó thường trực là Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà, hai tổ phó là bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư, bộ trưởng Bộ GTVT; các thành viên tổ công tác là lãnh đạo các bộ ngành có liên quan và 20 tỉnh thành có dự án đi qua.
Tổ công tác trên có nhiệm vụ nghiên cứu xây dựng các cơ chế, chính sách, giải pháp lớn mang tính tổng thể, liên ngành; chỉ đạo xây dựng Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam, trình Chính phủ, Quốc hội, Bộ Chính trị quyết định.
Hiện, Bộ GTVT đang hoàn thiện Báo cáo tiền khả thi Dự án đường sắt tốc độ cao Bắc – Nam với 2 kịch bản khác nhau. Cụ thể, phương án 1 là đầu tư đường sắt mới, chỉ chạy tàu khách; phương án 2 là đầu tư đường sắt mới nhưng khai thác kết hợp giữa tàu khách và hàng.