Theo bà Cấn Thị Hà, sông Nhuệ đang "lây lan mầm bệnh" cho sông Hồng chảy về hạ lưu khi khối lượng lớn nước ô nhiễm đang chảy ra cả ngày đêm.
Tại sông Đáy (đoạn qua Hà Nội) ô nhiễm nặng từ nhiều năm qua.
Rất nhiều đoạn chảy qua Hà Nội chất thải ô nhiễm tạo thành các bãi bồi ngăn cản dòng chảy thoát nước...
Nước ô nhiễm đặc quánh, bốc mùi hôi thối nồng nặc. Lượng bùn tích tụ, lắng đọng lâu ngày là nguyên nhân chính gây ra mùi hôi thối.
Sông Nhuệ (đoạn chảy qua cầu Hữu Hòa, Thanh Trì, Hà Nội) nhìn từ xa vẫn có thể thấy rõ màu nước đen kịt bao quanh bởi khu dân cư đông đúc.
Sông Nhuệ dài 74 km, trong đó đoạn thuộc TP.Hà Nội dài hơn 63 km (nối thông với sông Tô Lịch). Hiện trên lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy có khoảng 2.521 nguồn thải, trong đó, 1.672 nguồn thải từ cơ sở sản xuất, kinh doanh; 126 nguồn thải từ khu công nghiệp, cụm công nghiệp; 137 nguồn thải từ các cơ sở y tế (bệnh viện), 586 làng nghề.
Theo quan trắc của Bộ Tài nguyên và Môi trường, nhiều thời điểm, sông Nhuệ-Đáy có chất lượng môi trường nước kém nhất trong năm lưu vực sông ở miền Bắc.
Người dân xả rác vô tội vạ ra sông Nhuệ (đoạn chảy qua địa bàn xã Tả Thanh Oai, Thanh Trì, Hà Nội) ngoài việc gây ra ô nhiễm môi trường nước, dòng chảy bị cả trở khiến nước thoát rất chậm.