Hiện, dự án tiếp tục gặp khó khăn về thi công, thanh toán khối lượng đã hoàn thành cho các nhà thầu do chưa hoàn thành thủ tục điều chỉnh chủ trương đầu tư trước ngày 31-12-2022 như kế hoạch. Từ đầu tháng 2-2023, một số nhà thầu đã có văn bản tạm dừng thi công. Ngoài ra, nhà thầu phần ngầm cũng dừng thi công hơn 1 năm từ tháng 7-2021 đến cuối năm 2022.
Tại phiên thảo luận của HĐND TP Hà Nội tại kỳ họp cuối năm 2022, ông Dương Đức Tuấn, Phó chủ tịch TP Hà Nội, cho biết số tiền bị phạt do chậm bàn giao mặt bằng khoảng 6.000 tỉ đồng.
Trước đó, vào tháng 8-2022, tại buổi làm việc với TP Hà Nội và các đơn vị liên quan, Thủ tướng yêu cầu hoàn thành đoạn trên cao đường sắt Nhổn-ga Hà Nội vào cuối năm 2022. Đồng thời nghiên cứu, tìm giải pháp rút ngắn ít nhất một nửa thời gian hoàn thành đoạn đi ngầm so với đề xuất của đơn vị tư vấn là năm 2027.
Tuyến đường sắt Nhổn-ga Hà Nội được khởi công từ tháng 9-2010 và dự kiến hoàn thành vào năm 2016. Tuyến đường sắt đô thị này có chiều dài 12,5 km, gồm 8,5 km trên cao và 4 km đi ngầm.
Sau hơn 13 năm thi công, đến nay tiến độ dự án mới đạt khoảng 75%. Dự án đã bị đội vốn từ 18.000 tỉ đồng lên 34.532 tỉ đồng (gần gấp đôi). Kế hoạch hoàn thành năm 2015 nhưng sau 4 lần lùi tiến độ, mốc hoàn thành mới của dự án dự kiến là 2027.