Về tiến độ thời gian GPMB còn chậm. UBND quận Đống Đa ban hành thông báo thu hồi đất năm 2012 và bàn giao mặt bằng (Ga S10, 11) từ năm 2016-2022 mới xong (việc chậm chủ yếu ở giai đoạn 2016 - 2020); UBND quận Hoàn Kiếm ban hành thông báo thu hồi đất năm 2013 và bàn giao mặt bằng (Ga S12) từ năm 2017-2019 mới xong; UBND quận Ba Đình ban hành thông báo thu hồi đất năm 2013 và bàn giao mặt bằng (Ga S9) từ năm 2016-2022 mới xong là chưa thực hiện đúng về thời gian theo quy định tại Điều 67, Điều 68, Điều 69 , Điều 70, Điều 93 Luật Đất Đai năm 2013; Khoản 2, Điều 108 Luật Xây Dựng số 50/2014/QH132: "Thời hạn GPMB xây dựng phải đáp ứng yêu cầu tiến độ thực hiện dự án đã được phê duyệt hoặc quyết định của người có thẩm quyền"; chưa thực hiện đúng tiến độ GPMB theo chỉ đạo của UBND TP Hà Nội.
Công tác di chuyển công trình hạ tầng kỹ thuật của dự án vẫn chưa thực hiện xong dẫn đến dự án Metro Nhổn-ga Hà Nội bị kéo dài...
Thanh tra TP kiến nghị UBND TP Hà Nội giao Sở Nội vụ xem xét trách nhiệm của các tổ chức và cá nhân để xảy ra các tồn tại nêu tại phần kết luận tham mưu UBND TP xử lý theo quy định.
Kiến nghị UBND TP Hà Nội chỉ đạo Ban quản lý đường sắt đô thị Hà Nội tổ chức kiểm tra rà soát lại các đơn giá áp dụng trong việc lập, thẩm định phê duyệt dự toán ban đầu đối với gói thầu số CP01, CP02 làm căn cứ để thực hiện việc điều chỉnh giá theo quy định đối với nhà thầu thực hiện gói thầu CP01 và gói thầu CP02, trên cơ sở kiểm tra, rà soát làm căn cứ để thanh toán, quyết toán với đơn vị thực hiện gói thầu CP01 và gói thầu CP02 được nêu tại phần 2 kết luận; khẩn trương thực hiện di chuyển các công trình hạ tầng kỹ thuật để bàn giao mặt bằng cho nhà thầu thực hiện dự án.