Điều đó khiến chúng trở thành một loài với bốn bản sao của mỗi nhiễm sắc thể (tứ bội). Bốn bản sao của mỗi nhiễm sắc thể cũng có nghĩa là bốn bản sao của mỗi gen. Điều đó khiến việc tạo ra các giống mới với sự kết hợp các đặc tính riêng rất khó khăn và tốn thời gian.
Hơn nữa, nhiều bản sao của mỗi nhiễm sắc thể cũng làm cho việc tái tạo bộ gen khoai tây trở thành một thách thức kỹ thuật lớn.