Bên cạnh thuận lợi, khó khăn khi giảng dạy chuyên đề học tập môn Lịch sử là các chuyên đề có nội dung khối lượng kiến thức rất rộng. Chưa có sách hỗ trợ cho giáo viên trong quá trình dạy như sách giáo viên, sách tham khảo, sách bài tập…
Triển khai chuyên đề học tập môn Lịch sử, thầy cô Trường THPT chuyên Nguyễn Bỉnh Khiêm đã thiết kế bài giảng kết hợp sử dụng video, tranh ảnh để trực quan bài học. Đồng thời, tìm tòi, nghiên cứu các nguồn tài liệu để phục vụ tốt cho việc dạy học với những nội dung mới này.
Giáo viên thiết kế và chuyển giao các nhiệm vụ học tập ở nhà cho học sinh để các em thực hiện bằng hình thức cá nhân, cặp đôi, nhóm hoặc kết hợp cá nhân và nhóm. Sử dụng đa đạng các phương pháp giảng dạy như: phát vấn, thuyết trình, thảo luận nhóm, xem clip, làm poster… để tạo hứng thú cho học sinh khi học.
Với chuyên đề học tập môn Địa lí, việc trình bày tường minh, đơn giản, dễ hiểu, chuyên đề và chương trình cốt lõi có nội dung sát nhau là thuận lợi cho giảng dạy.
Nhưng khó khăn là khối lượng nội dung kiến thức nhiều nên cần tổ chức, thay đổi phương pháp tạo một tiết học hấp dẫn, tạo cơ hội cho học sinh được rèn giũa kỹ năng bên cạnh việc tiếp thu kiến thức chuyên môn
Để giảng dạy hiệu quả chuyên đề học tập môn Địa lí, thầy cô Trường THPT chuyên Nguyễn Bỉnh Khiêm cho rằng, cần phân phối chương trình lại để từng chuyên đề bám sát theo nội dung cốt lõi; sử dụng đa đạng các phương pháp giảng dạy để tạo hứng thú cho học sinh khi học.
Trong Chương trình GDPT 2018, mỗi môn học Ngữ văn, Toán, Lịch sử, Địa lí, Giáo dục kinh tế và pháp luật, Vật lí, Hoá học, Sinh học, Công nghệ, Tin học, Nghệ thuật có một số chuyên đề học tập, tạo thành cụm chuyên đề học tập của môn học nhằm thực hiện yêu cầu phân hoá sâu, giúp học sinh tăng cường kiến thức và kĩ năng thực hành, vận dụng kiến thức, kĩ năng đã học giải quyết những vấn đề của thực tiễn, đáp ứng yêu cầu định hướng nghề nghiệp.
Thời lượng dành cho mỗi chuyên đề học tập là 10 tiết hoặc 15 tiết; tổng thời lượng dành cho cụm chuyên đề học tập của một môn học là 35 tiết/năm học. Ở mỗi lớp 10, 11, 12, học sinh chọn 3 cụm chuyên đề học tập của 3 môn học phù hợp với nguyện vọng của bản thân và khả năng tổ chức của nhà trường.