Các trường là đơn vị công lập của hệ thống quốc dân, chịu sự quản lý của Sở GD&ĐT Hà Giang và có tư cách pháp nhân, con dấu riêng.
Vào năm 2021, tỉnh Hà Giang cũng đã quyết định thành lập các trường Phổ thông Dân tộc Nội trú THCS và THPT tại các huyện Xín Mần, Hoàng Su Phì, Đồng Văn và Bắc Mê. Việc thành lập các trường Phổ thông Dân tộc Nội trú THCS và THPT tại các huyện không làm tăng thêm biên chế ngành Giáo dục và viên chức cấp huyện mà các địa phương sẽ sử dụng tối đa đội ngũ nhân lực phù với trình độ đào tạo cấp THPT. Cơ sở vật chất, trang thiết bị tại các trường được đầu tư đầy đủ, cơ bản đáp ứng nhu cầu dạy, học trong năm học mới.
Toàn tỉnh hiện có trên 878 nghìn người, trong đó đồng bào dân tộc thiểu số chiếm trên 87%. Việc thành lập trường Phổ thông Dân tộc Nội trú THCS và THPT nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho con em đồng bào dân tộc (kể cả dân tộc Kinh) định cư lâu dài tại các huyện đi học cấp THPT để tạo nguồn nhân lực có chất lượng cho huyện và tỉnh, góp phần thực hiện thành công Nghị quyết 52 của Chính phủ.