UBND TP Hà Nội giao Sở GD&ĐT là cơ quan thường trực, giúp việc UBND TP trong công tác chỉ đạo triển khai Kế hoạch; chủ trì, phối hợp với các Sở, ban, ngành liên quan; UBND các quận, huyện, thị xã và các tổ chức, đoàn thể triển khai các nội dung tại Kế hoạch này.
Hướng dẫn đôn đốc việc thực hiện Kế hoạch trong toàn Ngành, trong đó xây dựng, ban hành, kế hoạch bao gồm những dự án, kinh phí và các nội dung liên quan với lộ trình triển khai cụ thể. Giám sát, kiểm tra, thanh tra và tổ chức sơ kết, tổng kết việc thực hiện Kế hoạch, báo cáo cấp trên.
Ứng dụng phần mềm, cơ sở dữ liệu để theo dõi, quản lý sức khỏe học sinh, hoạt động giáo dục thể chất và thể thao trường học, tình trạng dinh dưỡng học đường để áp dụng liên thông, kết nối cho từng tuyến (trường học, cơ quan quản lý sức khỏe học đường tuyến huyện, tuyến tỉnh và tuyến trung ương).
Phối hợp với Sở Y tế hướng dẫn triển khai thực hiện các đề án phòng chống thiếu vi chất, thừa cân béo phì cho học sinh; tiêu chuẩn về dinh dưỡng, an toàn thực phẩm đối với bữa ăn học đường; tổ chức bồi dưỡng, tập huấn nâng cao kiến thức, kỹ năng cho đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên y tế trường học nhằm thực hiện hiệu quả công tác sức khỏe học đường.