Giám đốc Ban Quản lý được quyền quyết định kế hoạch viên chức (nhưng không vượt quá tổng số viên chức của giai đoạn đã được phê duyệt), lao động hợp đồng theo từng năm và báo cáo UBND huyện để theo dõi, giám sát.
UBND TP. Hà Nội giao UBND huyện Đan Phượng, chỉ đạo tổ chức kiểm tra, giám sát việc thực hiện tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế đối với Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng theo quy định của pháp luật. Tổ chức đánh giá cuối giai đoạn thực hiện tự chủ, báo cáo UBND TP. Hà Nội.
Ngoài Đan Phượng, UBND TP. Hà Nội cũng đã hành Quyết định số 3965/QĐ-UBND phê duyệt Đề án tự chủ của Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng thuộc UBND Quận Đống Đa, giai đoạn 2023 - 2025. Theo đó, căn cứ tổ chức bộ máy, vị trí việc làm và khối lượng công việc thực tế, số người làm việc tại Ban là 46 viên chức (bao gồm Giám đốc và không quá 3 Phó Giám đốc).
Đối với Sóc Sơn, UBND TP. Hà Nội cũng ban hành Quyết định số 3966/QĐ-UBND phê duyệt Đề án tự chủ trong thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, số lượng người làm việc của Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng thuộc UBND huyện Sóc Sơn giai đoạn 2023 - 2025. Theo quyết định, số lượng người làm việc tại Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng huyện Sóc Sơn là 39 viên chức, trong đó có 1 Giám đốc và không quá 3 Phó Giám đốc.