Phương thức tuyển sinh lớp 6 được áp dụng là kết hợp giữa xét tuyển với kiểm tra, đánh giá năng lực. Trong đó, vòng 1 là tổ chức xét tuyển đối với những học sinh có đủ điều kiện dự tuyển, có hồ sơ dự tuyển hợp lệ; vòng 2 là tổ chức kiểm tra, đánh giá năng lực đối với những học sinh đã qua xét tuyển vòng 1.
Ở vòng 2, học sinh thực hiện đủ 3 bài kiểm tra toán, tiếng Việt và tiếng Anh theo hình thức kết hợp trắc nghiệm khách quan với tự luận, thời gian làm bài 45 phút/bài. Học sinh làm bài kiểm tra vào ngày 25/6/2022.
Kỳ tuyển sinh vào lớp 6 trường THPT chuyên Hà Nội - Amsterdam được đánh giá khó hơn cả kỳ thi vào đại học bởi ngoài tỷ lệ chọi cao, thí sinh đều là học sinh giỏi toàn diện cấp tiểu học, trải qua vòng sơ tuyển với học bạ "toàn điểm 10". Kỳ thi này luôn nhận được sự quan tâm của rất nhiều phụ huynh tại Hà Nội.