Theo báo cáo của Đoàn đại biểu Quốc hội thành phố Hà Nội gửi Đoàn giám sát của Ủy ban Thường vụ Quốc hội, khó khăn lớn nhất của các trường học hiện nay là điều kiện cơ sở vật chất nhằm đáp ứng chương trình, SGK mới.
Tỷ lệ đáp ứng chung thiết bị cơ sở giáo dục phổ thông công lập năm học 2022-2023 toàn thành phố chỉ đạt 71,5% và không đồng đều đối với mỗi cấp học.
Điều kiện đảm bảo là học sinh tiểu học không quá 35 học sinh/lớp và học sinh trung học không quá 45 học sinh/lớp. Lớp học cũng phải đảm bảo điều kiện theo quy chuẩn mới của Bộ.
Thành phố Hà Nội hiện còn có 200 phòng học bán kiên cố. Việc quy hoạch mạng lưới trường, lớp ở một số quận chưa đảm bảo đáp ứng nhu cầu học tập. Cấp THPT đảm bảo yêu cầu tối thiểu là 0,6 lớp/phòng để tổ chức học các môn tự chọn.
Một số địa phương chịu áp lực tuyển sinh vì dân số cơ học tăng nhanh, một số khu đô thị mới với quy mô dân số lớn song không đảm bảo tiến độ xây dựng trường học trong khu đô thị theo quy hoạch (như quận Hoàng Mai, quận Hà Đông...).
Diện tích đất một số trường trong các quận trung tâm chưa đáp ứng yêu cầu xây dựng trường đạt chuẩn quốc gia (như quận Hoàn Kiếm, quận Đống Đa…). Một số trường học, sĩ số học sinh/lớp còn cao.
Một số cơ sở giáo dục tại các huyện ngoại thành nguồn lực tài chính còn hạn hẹp nên việc đầu tư cho mua sắm thiết bị dạy học phòng học, phòng chức năng còn hạn chế, khó đáp ứng ngay quy định.
Chương trình GDPT 2018 thực hiện dạy học tích hợp theo ba định hướng: Tích hợp nội môn, tích hợp liên môn và tích hợp xuyên môn. Trong việc triển khai ba định hướng trên, thách thức đáng kể nhất là dạy các môn học tích hợp Khoa học tự nhiên, Lịch sử và Địa lí ở cấp THCS.
Tuy nhiên, phát triển đội ngũ giáo viên thực hiện dạy học các môn học theo yêu cầu tích hợp đang là một vấn đề khó khăn trong việc thực thi chương trình, chưa có giáo viên đủ năng lực thực sự để đảm nhận. Nếu để giáo viên dạy riêng thành phân môn sẽ gặp khó khăn trong việc bố trí vì kiến thức có sự đan cài khá chặt chẽ, nhưng để cho 1 giáo viên dạy cùng lúc cả ba phân môn hiệu quả sẽ không cao.
Hiện còn một số trường tỷ lệ giáo viên/lớp trung bình thấp, chưa đạt được tỷ lệ giáo viên/lớp đảm bảo để tổ chức thuận lợi dạy học 2 buổi/ngày. Một số trường thiếu giáo viên các môn chuyên biệt. Khả năng sử dụng ngoại ngữ, ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác quản lý, giảng dạy; khả năng tiếp cận phương pháp giảng dạy hiện đại còn hạn chế ở một số CBQL, giáo viên.
Để thực hiện Chương trình GDPT 2018 cần giải quyết căn cơ vấn đề tình trạng đội ngũ giáo viên sẽ thừa, thiếu cục bộ, một số giáo viên đơn môn sẽ thừa, trong khi giáo viên môn nghệ thuật sẽ thiếu trầm trọng. Việc đưa môn Nghệ thuật vào chương trình cấp THPT... cũng đòi hỏi bổ sung giáo viên. Đó là những thách thức không nhỏ trong việc thực hiện chương trình.