Hệ thống cầu qua sông Đuống, xây dựng 4 cầu gồm: Cầu Đuống mới (cầu đường bộ), cầu Giang Biên (trên tuyến đường kéo dài từ quận Long Biên sang Ninh Hiệp), cầu Mai Lâm (trên tuyến đường kéo dài từ quận Long Biên đến trục trung tâm Cổ Loa), cầu Ngọc Thụy (trên tuyến đường dọc đê tả sông Hồng).
Cầu qua sông Đáy, xây dựng các cầu gồm: Cầu Thanh Đa (trục tây Thăng Long), cầu Phùng (Quốc lộ 32), cầu Sông Đáy (Đại lộ Thăng Long), cầu Mai Lĩnh (Quốc lộ 6), cầu Đồng Hoàng (trục Hà Đông - Xuân Mai), cầu Hoàng Thanh (trục huyện Thanh Oai), cầu Mỹ Hòa (nối Mỹ Đức - Ứng Hòa), cầu Hòa Viên (nối Ứng Hòa - Chương Mỹ), cầu Sông Đáy (đường Đỗ Xá - Quan Sơn), cầu trên đường cao tốc Tây Bắc - Quốc lộ 5...
Trên các tuyến sông khác, xây dựng các cầu quy mô đồng bộ với quy mô của đường quy hoạch.
Ngoài ra, Đồ án Điều chỉnh Quy hoạch chung Thủ đô Hà Nội đến năm 2045, tầm nhìn đến năm 2065 đưa ra nội dung điều chỉnh phương án phát triển các cầu, hầm qua sông Hồng, sông Đuống, sông Đà, sông Đáy.
Cụ thể, bổ sung 4 cầu qua sông Hồng để bổ sung kết nối một số đô thị cũng như kết nối với tỉnh lân cận, trong đó có một cầu kết nối đô thị Bắc sông Hồng, hai cầu ở khu vực phía đông kết nối với Hưng Yên; và bổ sung một cầu qua sông Đà, cầu Tu Vũ kết nối với Phú Thọ.