Hiện nay, các nhiệm vụ của Bộ GD&ĐT được giao tại Chương trình mục tiêu quốc gia phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi được ngành Giáo dục các địa phương triển khai theo đúng kế hoạch. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện Chương trình cũng phát sinh những khó khăn, chồng chéo cần sớm có giải pháp khắc phục.