Theo cáo trạng, sau khi được bổ nhiệm làm Chủ tịch UBND Hà Nội từ cuối năm 2015, ông Chung đã can thiệp, chỉ đạo xuyên suốt, toàn diện công tác trồng mới, chăm sóc, cắt tỉa cây xanh dù khi đó, nguyên Phó chủ tịch UBND TP Hà Nội Nguyễn Thế Hùng được giao phụ trách lĩnh vực này.
Đầu năm 2016, ông Chung chỉ đạo miệng ông Lê Văn Dục (Giám đốc Sở Xây dựng) cùng cán bộ cấp dưới, áp đặt và buộc ông Dục phải đặt hàng trực tiếp Công ty Sinh Thái Xanh trồng cây tại vườn ươm ven Quốc lộ 21A. Thời điểm đó, Công ty Sinh Thái Xanh mới thành lập trong tháng 6/2016, không đủ năng lực để đấu thầu; còn Bùi Văn Mận, Giám đốc là người có mối quan hệ thân thiết với ông Chung.
Trong 3 năm, Ban Duy tu thuộc Sở Xây dựng đặt hàng với Công ty Cây xanh 10 hợp đồng (tổng trị giá trên 241 tỷ đồng), với Công ty Sinh Thái Xanh 6 hợp đồng (tổng chi phí hơn 43 tỷ đồng). Đến khi thực hiện, các bị can ký khống hợp đồng, nâng giá một số chủng loại cây đầu vào cao hơn giá trị thực tế.
Viện kiểm sát xác định những sai phạm nêu trên của bị can Nguyễn Đức Chung đã để một số bị can khác lợi dụng nâng khống giá cây, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước trên 34,7 tỷ đồng.
Quá trình điều tra, Bùi Văn Mận khai do được ông Chung tạo điều kiện nên Mận đã chi gần 1,2 tỷ đồng trồng cây tài trợ cho Trường Mầm non Yên Khê (do ông Chung dùng tư cách cá nhân tài trợ) và nhà bố đẻ ông Chung; còn Vũ Kiên Trung khai đã chi 2,6 tỷ đồng cho ông Chung vào các dịp lễ, Tết từ năm 2016-2020.
Trong khi đó, cáo trạng thể hiện ông Chung chỉ nhận trách nhiệm của người đứng đầu TP Hà Nội.
Đây là vụ án thứ 4 liên quan đến cựu Chủ tịch UBND TP Hà Nội Nguyễn Đức Chung, ông hiện nay đang chấp hành tổng hình phạt 12 năm tù trong 3 vụ án hình sự.