Hàng loạt quyết định thành lập các đơn vị, tổ chức hành chính cũng như điều động, bổ nhiệm cán bộ chủ chốt tại TP Thủ Đức được thực hiện theo cơ chế đặc thù của Nghị quyết 98 để địa phương này phát huy hiệu lực hoạt động với tư cách là “thành phố trong thành phố” đầu tiên của cả nước.