Dù có nhiều thuận lợi, song Trường THPT Kim Liên đang đứng trước nhiều khó khăn, nhất là cơ sở vật chất. Theo hiệu trưởng Nguyễn Thị Hiền, các dãy nhà học đưa vào sử dụng trên 30 năm (từ năm 1990) nên đã xuống cấp. Trường không có nhà đa năng, thiết bị dạy học thiếu, cũ kỹ, chưa được đầu tư mua sắm tập trung đúng hạng mục đề xuất, do đó, chưa đáp ứng hết mục tiêu giáo dục của Chương trình GDPT 2018.
Do cơ cấu giáo viên dịch chuyển theo nhu cầu môn học lựa chọn của học sinh, dẫn đến hiện tượng thừa, thiếu giáo viên cục bộ. Các khóa tập huấn về sách giáo khoa hàng năm chủ yếu thực hiện trực tuyến, ngắn ngày, do đó, giáo viên chưa có nhiều cơ hội thực hành, chia sẻ kinh nghiệm giảng dạy và thực hiện chương trình của giáo viên cũng như chuyên gia xây dựng chương trình và viết sách.
Việc lựa chọn sách giáo khoa trong nhiều bộ sách giáo khoa đến từ các nhà xuất bản khác nhau cũng khiến giáo viên, phụ huynh và học sinh băn khoăn. Bởi sự khác nhau trong sắp xếp thứ tự nội dung kiến thức, phạm vi kiến thức, ví dụ minh họa, bài toán, tranh ảnh… cũng ảnh hưởng tới học sinh tham gia kỳ thi học sinh giỏi các cấp hay kỳ thi tốt nghiệp THPT.
Hiệu trưởng Trường THCS&THPT Nguyễn Tất Thành Phạm Sỹ Cường bày tỏ: Dù có lợi thế về đội ngũ chất lượng cao, song thực tế giảng dạy chương trình mới còn một số vướng mắc. Cụ thể trong việc giảng dạy môn giáo dục địa phương. Hiện nay, nội dung giáo dục địa phương do giáo viên tự xây dựng, song việc đáp ứng yêu cầu cần đạt còn hạn chế và phụ thuộc vào trình độ giáo viên.
Một số môn học mới như hoạt động trải nghiệm hướng nghiệp, nội dung giáo dục địa phương, giáo viên hầu hết phải kiêm nhiệm. Nhà trường đang sử dụng giáo viên môn Vật lý, Hóa học, Sinh học để dạy các chủ đề của môn khoa học tự nhiên; giáo viên chủ nhiệm đảm nhận chủ yếu hoạt động trải nghiệm - hướng nghiệp, giáo viên các môn khác nhau đảm nhận các chủ đề nội dung giáo dục địa phương.
Việc xây dựng tổ hợp các môn học cũng chưa đáp ứng được hết nhu cầu đa dạng của học sinh và phụ huynh. Bên cạnh đó, việc chuyển học sinh từ tổ hợp này sang tổ hợp kia rất khó khăn vì học sinh phải học bù các môn học chưa có trong tổ hợp đã học trước đó. Chương trình chưa tinh giản nhiều so với chương trình cũ nên học sinh đại trà học vẫn vất vả.
Từ khó khăn thực tế, nhà trường kiến nghị cần sớm có tài liệu hướng dẫn giảng dạy nội dung giáo dục địa phương phù hợp, đáp ứng tốt mục tiêu môn học; có hướng dẫn và chỉ đạo hiệu quả việc học sinh chuyển trường, chuyển tổ hợp của khối THPT. Đồng thời, được hỗ trợ, đầu tư về cơ sở vật chất để đáp ứng yêu cầu giảng dạy trong bối cảnh mới.
Trong các ngày 9 và 10/3, Đoàn giám sát của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc thực hiện Nghị quyết số 88/2014/QH13 và Nghị quyết số 51/2017/QH14 của Quốc hội về đổi mới chương trình, sách giáo khoa giáo dục phổ thông giai đoạn 2014 -2022 đã làm việc với một số đơn vị, trường học trên địa bàn Hà Nội.
Các tổ công tác của Đoàn giám sát đã đến thăm, khảo sát, thực hiện giám sát chuyên đề tại các Trường Tiểu học Phù Linh (huyện Sóc Sơn), THCS Minh Tân B (huyện Sóc Sơn), Tiểu học Minh Quang A (huyện Ba Vì), Trung tâm GDNN-GDTX huyện Ba Vì (huyện Ba Vì), THCS&THPT Nguyễn Tất Thành (quận Cầu Giấy); PTCS Nguyễn Đình Chiểu (quận Hai Bà Trưng); THPT Kim Liên (quận Đống Đa); TH, THCS, THPT Everest (quận Bắc Từ Liêm), THPT chuyên Hà Nội Amsterdam (quận Cầu Giấy).