Tháng 7/2021, Trần Thị Mai Xa, Giám đốc Công ty Masterlife đến liên hệ, gặp đặt vấn đề và được Nguyễn Thị Hương Lan đồng ý tạo điều kiện cho nhóm Công ty: Masterlife, Mỹ Thuật Quang Trung, Thắng Lợi, Nam A của Mai Xa được cấp phép tổ chức chuyến bay. Quá trình giải quyết cấp phép 18 chuyến bay cho nhóm công ty của Mai Xa, Nguyễn Thị Hương Lan đã nhận hối lộ của Trần Thị Mai Xa 3 lần, tổng số 55.000 USD.
Cuối năm 2020, Nguyễn Thị Thanh Hằng, Phó Tổng Giám đốc Công ty Bluesky đã gặp, đặt vấn đề và được Nguyên Thị Hương Lan đồng ý hỗ trợ giúp đỡ trong việc cấp phép các chuyến bay cho nhóm công ty của Hằng. Trong quá trình xin cấp phép 109 chuyến bay, Nguyễn Thị Thanh Hằng đã đưa hối lộ 8 lần cho Nguyễn Thị Hương Lan tổng 5,9 tỷ đồng.
Tháng 9/2021, Trần Quốc Tuấn, Giám đốc Công ty Vitrato được Võ Thị Hồng, Giám đốc Công ty Minh Ngọc nhờ xin cấp phép chuyến bay cho Công ty Minh Ngọc và Công ty Sora (Hồng mượn pháp nhân).
Tuấn đến liên hệ, gặp, đặt vấn đề và được Nguyễn Thị Hương Lan đồng ý giải quyết thủ tục để được cấp phép các chuyến bay cho 2 Công ty trên. Trong quá trình giải quyết cấp phép các chuyến bay, tháng 11/2021, Nguyễn Thị Hương Lan đã nhận hối lộ 50.000 USD của Trần Quốc Tuấn tại phòng làm việc.
Khoảng đầu tháng 11/2021, Nguyễn Tiến Mạnh, Phó Tổng Giám đốc Công ty Lữ Hành Việt đến liên hệ đặt vấn đề và được Nguyễn Thị Hương Lan đồng ý tạo điều giúp đỡ cho Công ty Lữ Hành Việt và Công ty Hoàng Long Luxury (do Mạnh mượn pháp nhân) tổ chức thực hiện các chuyến bay. Trong quá trình giải quyết cấp phép 11 chuyến bay, tháng 11/2021, Nguyễn Thị Huơng Lan đã nhận hối lộ 200 triệu đồng của Nguyễn Tiến Mạnh tại phòng làm việc.
Tháng 10/2021, Vũ Minh Thắng, Giám đốc Công ty TNHH Đầu tư và Thương mại Thuận An đến liên hệ nhờ và được Nguyễn Thị Hương Lan đồng ý tạo điều kiện giúp Công ty của Thắng trong việc cấp phép các chuyến bay. Trong quá trình giải quyết cấp phép 2 chuyến bay và các đoàn khách lẻ, Nguyễn Thị Huơng Lan đã nhận hối lộ 2 lần, số tiền 600 triệu đồng của Vũ Minh Thắng tại phòng làm việc.
Như vậy, trong quá trình cấp phép các chuyến bay, từ tháng 12/2020 đến tháng 1/2022, Nguyễn Thị Hương Lan đã nhận hối lộ 32 lần của 8 cá nhân đại diện doanh nghiệp, tổng số hơn 25 tỷ đồng. Ngày 17/4/2023 gia đình Nguyễn Thị Hương Lan nộp 900 triệu đồng cho Cơ quan điều tra để khắc phục hậu quả.
Riêng tại Bộ Ngoại giao, ngoài bị cáo Lan, cơ quan công tố cáo buộc bị cáo Tô Anh Dũng, cựu thứ trưởng Bộ Ngoại giao, nhận hối lộ hơn 21 tỉ đồng; Đỗ Hoàng Tùng, cựu Phó cục trưởng Cục Lãnh sự, nhận hối lộ hơn 12 tỉ đồng; Lê Anh Tuấn, cựu chánh văn phòng Cục lãnh sự, nhận gần 1,8 tỉ đồng; Vũ Hồng Nam, cựu đại sứ Việt Nam tại Nhật Bản nhận hơn 1,8 tỉ đồng…