Theo kết luận thanh tra, UBND tỉnh Yên Bái đã giao cho Công ty CP Đầu tư BG Group nay là Công ty CP Tập đoàn Apec Group 16,7ha đất quốc phòng để đầu tư dự án nhà ở thương mại ở tổ 7, phường Pú Trạng, thị xã Nghĩa Lộ khi chưa được Thủ tướng phê duyệt điều chỉnh quy hoạch đất quốc phòng sang loại đất khác là sai quy định.
Bên cạnh đó, dự án Sân Golf Ngôi sao Yên Bái được UBND tỉnh phê duyệt đồ án quy hoạch chưa đúng; dự án chưa được Bộ Kế hoạch Đầu tư thẩm định; doanh nghiệp khởi công xây dựng từ năm 2015 khi chưa có mặt bằng và giấy phép xây dựng.
Trong khi đó, tại dự án đầu tư xây dựng thủy điện Ngòi Hút 2, Thanh tra Chính phủ cho biết việc UBND huyện Văn Yên thực hiện chỉ định gói thầu khai thác gỗ với khối lượng theo thiết kế khai thác là 1.737,565 m3 gỗ tròn, giá trị 2,6 tỷ đồng là chưa đúng quy định.
Đối với các dự án sắp xếp lại, xử lý nhà, đất thuộc sở hữu Nhà nước giai đoạn 2010 – 2017 có 4 cơ sở nhà đất (trụ sở Sở Công thương; trụ sở Ban Dân tộc; trụ sở Chi cục thú y tại TP Yên Bái và trụ sở UBND xã Phù Nham, huyện Văn Chấn, được sắp xếp lại, xử lý trụ sở làm việc thuộc sở hữu Nhà nước nhưng chủ sở hữu đất, tài sản công chưa được thực hiện theo trình tự, thủ tục…
Để xử lý các vi phạm này, Thanh tra Chính phủ yêu cầu UBND tỉnh Yên Bái rà soát, đôn đốc các chủ đầu tư dự án thực hiện nghĩa vụ tài chính đối với tiền thuê đất và các khoản thuế còn phải nộp về ngân sách nhà nước, có biện pháp xử lý theo quy định pháp luật đối với trường hợp không chấp hành.
Chỉ đạo các sở, ngành kiểm tra, rà soát cụ thể để thu hồi về ngân sách tiền sử dụng đất, tài sản trên đất, tiền nghiệm thu thanh quyết toán chưa đúng quy định.
Thanh tra Chính phủ cũng yêu cầu UBND tỉnh Yên Bái tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm của tập thể, cá nhân qua các thời kỳ, để xảy ra tồn tại, thiếu sót đã nêu trong kết luận thanh tra.
Căn cứ kết quả kiểm điểm, chủ tịch UBND tỉnh Yên Bái có biện pháp xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý nghiêm đối với những tập thể, cá nhân thực hiện chưa đúng quy định pháp luật về quy hoạch, đầu tư xây dựng, sử dụng đất đai. Trong quá trình kiểm tra việc thực hiện kết luận thanh tra nếu có dấu hiệu vi phạm pháp luật, gây hậu quả thì yêu cầu chuyển cơ quan điều tra xem xét, xử lý theo quy định pháp luật.