Cụ thể, kết luận chỉ ra, Học viện Hàng không Việt Nam đã thu học phí vượt mức trần theo quy định tại Nghị định số 86/2015 của Chính phủ, khoảng 10%, tổng số tiền tạm tính là 5 tỉ đồng.
Sang tới năm học 2022-2023, Chính phủ ban hành Nghị quyết 165 ngày 20/12/2022, yêu cầu các cơ sở giáo dục đại học giữ ổn định mức thu học phí năm học 2022-2023 bằng năm 2021-2022 do cơ sở giáo dục đã ban hành.
Song, Học viện Hàng không Việt Nam vẫn không kịp thời điều chỉnh theo đúng tinh thần chỉ đạo của Nghị quyết này. Kết luận của Bộ GTVT cho rằng, Học viện Hàng không Việt Nam thu học phí năm học này cao hơn quy định, tổng số tiền tạm tính là 51 tỷ đồng.
Theo Bộ GTVT, những tồn tại, hạn chế, những việc làm chưa đúng quy định trên do Học viện Hàng không Việt Nam chưa nghiêm túc trong việc nghiên cứu, triển khai thực hiện chỉ đạo của Bộ GTVT và cơ quan có thẩm quyền về chính sách học phí; do chính sách điều hành liên quan đến học phí trong giai đoạn này có những thay đổi.
Theo phản hồi của Học viện Hàng không Việt Nam, hiện nhà trường đang thực hiện việc tính toán, hoàn trả, khấu trừ học phí cho người học. Các mức thu học phí năm học 2021-2022 và 2022-2023 được điều chỉnh về mức thu học phí của năm học 2020-2021.
Đối với sinh viên, học viên đang học, học phí chênh lệch sẽ được cấn trừ vào học kỳ 3 năm học 2022-2023. Đối với những học viên, sinh viên đã đóng hết học phí vào học kỳ cuối, Học viện sẽ thực hiện việc hoàn trả theo hình thức chuyển khoản vào đầu tháng 8/2023.