Chương trình kỹ sư chất lượng cao Việt-Pháp (PFIEV) học bằng tiếng Việt, học phí khoảng 15 triệu đồng/học kỳ (tương đương 30 triệu đồng/năm 2 học kỳ).
Chương trình giảng dạy bằng tiếng Anh, học phí khoảng 40 triệu đồng/học kỳ (tương đương khoảng 80 triệu đồng/năm 2 học kỳ).
Chương trình định hướng Nhật Bản, dạy chuyên môn theo chương trình tiêu chuẩn kết hợp đào tạo tiếng Nhật giao tiếp chuyên ngành, một số môn chuyên ngành dạy bằng tiếng Nhật, học phí khoảng 30 triệu đồng/học kỳ (tương đương khoảng 60 triệu đồng/năm 2 học kỳ).
Chương trình chuyển tiếp quốc tế (Nhật Bản) 2,5 năm đầu học tại Trường ĐH Bách khoa TP.HCM, học phí khoảng 30 triệu đồng/học kỳ (tương đương 60 triệu đồng/năm 2 học kỳ); 2 năm cuối chuyển tiếp sang ĐH đối tác Nhật học phí khoảng 112 triệu đồng/năm.
Như vậy, học phí năm học 2023-2024 của Trường ĐH Bách khoa TP.HCM thấp nhất ở mức khoảng 30 triệu đồng/năm.
Học phí chương trình chuyển tiếp quốc tế cao nhất khoảng 80 triệu đồng/năm khi học tập trong nước và hơn 800 triệu đồng/năm khi học ở trường đối tác nước ngoài.