Đây là giải thưởng KHCN cấp Bộ, thực hiện 3 năm/1 lần (trước đây là xét thưởng hàng năm). Số lượng giải thưởng ít hơn - tối đa 3 năm 60 công trình (trước đây mỗi năm 100 công trình), và chỉ dành cho các công trình công bố trên tạp chí quốc tế uy tín cao. Mức thưởng cao hơn và được chia thành Giải Nhất, Giải Nhì và Giải Ba.
Năm 2023 trong đợt xét tặng Giải thưởng đầu tiên, Viện Nghiên cứu cao cấp về Toán đã nhận được 161 hồ sơ đăng ký xét thưởng công trình Toán học, trong đó có 34 hồ sơ do tác giả nữ đăng ký (chiếm 21,11%). Ngày 21 tháng 12 năm 2023, Bộ GD&ĐT ban hành Quyết định số 4399/QĐ-BGDĐT Về việc phê duyệt kết quả xét tặng Giải thưởng công trình Toán học xuất sắc năm 2023 thuộc Chương trình trọng điểm quốc gia phát triển Toán học giai đoạn 2021 đến 2030. Danh sách đạt giải bao gồm 35 công trình (thuộc 20 cơ sở giáo dục đại học Việt Nam).
Đối với tập thể, 3 cơ sở giáo dục có số lượng công trình đạt giải cao nhất là Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - Đại học Quốc gia Hà Nội: có 5 công trình đạt giải (2 giải Nhất, 1 giải Nhì và 2 giải Ba - Hệ số điểm quy đổi là 37); Đại học Bách Khoa Hà Nội: có 4 công trình đạt giải (2 giải Nhì và 2 giải Ba - Hệ số điểm quy đổi là 24); Trường Đại học Sư phạm Hà Nội: có 3 công trình đạt giải (1 giải Nhất và 2 giải Ba - Hệ số điểm quy đổi là 20) sẽ được nhận bằng khen của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Giải thưởng công trình Toán học xuất sắc được trao tặng 3 năm/1 lần là sự vinh danh, khuyến khích nhà khoa học có những công trình công bố chất lượng cao, góp phần vào việc thực hiện mục tiêu của Chương trình trọng điểm quốc gia phát triển Toán học giai đoạn 2021 đến 2030. Đó là “Tiếp tục phát triển Toán học Việt Nam bền vững và mạnh mẽ về mọi mặt: nghiên cứu, ứng dụng và đào tạo, tương xứng với tiềm năng trí tuệ của con người Việt Nam, đáp ứng yêu cầu của đất nước trong cuộc cách mạng công nghiệp lần thứ tư; đưa Toán học trở thành một bộ phận hữu cơ trong sự phát triển chung của khoa học, công nghệ và kinh tế - xã hội; nâng cao vị thế của Toán học Việt Nam trong khu vực và trên thế giới”.