Bên cạnh đó là những hạn chế, thiếu sót trong công tác quản lý đất đai, trật tự xây dựng, đô thị, vệ sinh môi trường, quản lý thu, chi tài chính, ngân sách, cải cách hành chính; một số cá nhân chưa chấp hành nghiêm túc nội quy, quy chế làm việc của cơ quan đơn vị.
Qua thanh tra, kiểm tra, giám sát hoạt động công vụ phát hiện vi phạm về kinh tế số tiền gần 98 tỷ đồng và 1.598,9 m2 đất; kiến nghị thu hồi gần 61 tỷ đồng và 1.598,9 m2 đất; kiến nghị xử lý khác về kinh tế hơn 37 tỷ đồng.
152 tổ chức và 899 cá nhân (trong đó có 688 cá nhân né tránh, thiếu trách nhiệm, không thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ được giao) bị kiến nghị xử lý hành chính; kiến nghị chuyển cơ quan điều tra 6 vụ. Trong 6 vụ, cơ quan điều tra đã khởi tố 2 vụ.
Trong thời gian tới, Tp.HCM tiếp tục quán triệt, triển khai thực hiện nghiêm túc các quy định về quản lý cán bộ, công chức, viên chức.
Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát hoạt động công vụ, nhất là kiểm tra đột xuất; chú trọng thanh tra, kiểm tra một số lĩnh vực công tác dễ phát sinh tiêu cực, tham nhũng vặt, nhạy cảm... mà người dân, doanh nghiệp, báo chí thường phản ánh như các thủ tục hành chính liên quan đến đất đai, cấp phép xây dựng....