Ngoài ra, UBND TP. Thủ Đức cũng đã thực hiện thay đổi tên của 5 cơ quan chuyên môn thông qua việc chuyển đổi chức năng và nhiệm vụ giữa chúng. Đồng thời, họ thành lập 3 tổ chức hành chính mới, bao gồm: Phòng Giao thông công chính (chức năng chuyển từ Phòng Quản lý đô thị), Thanh tra xây dựng (chức năng chuyển từ Đội Thanh tra địa bàn TP. Thủ Đức thuộc Thanh tra Sở Xây dựng), và Trung tâm Phục vụ hành chính công (chức năng tiếp nhận và giải quyết một số thủ tục hành chính).
Như vậy, UBND TP Thủ Đức sẽ có 16 phòng chuyên môn thực hiện chức năng quản lý nhà nước, nhiều hơn 6 phòng so với quy định chung của UBND cấp huyện.
Đồng thời, UBND TP. Thủ Đức sẽ thành lập Trung tâm Phát triển quỹ đất, sáp nhập Trung tâm Văn hóa với Trung tâm Thể dục thể thao thành Trung tâm Văn hóa - Thể thao TP Thủ Đức, và thí điểm thành lập 3 đơn vị sự nghiệp: Phát triển hạ tầng kỹ thuật, An sinh xã hội, Xúc tiến thương mại và đầu tư.