Theo Ban thường trực Ban trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Đồng Nai, tu sĩ Thích Nhuận Nghi có những hành vi thiếu chuẩn mực trong sinh hoạt và tu học của một tu sĩ, để xảy ra mất đoàn kết nội bộ tại tự viện, gây ảnh hưởng đến uy tín của giáo hội các cấp và tự viện.
Vì vậy, giao cho Ban thường trực Ban trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam huyện Vĩnh Cửu tiếp nhận, quản lý tài sản chung của giáo hội, 6 tỉ đồng và hoạt động của chùa Từ Đức.
Trước đó, mạng xã hội xuất hiện hình ảnh được cho là tu sĩ Thích Nhuận Nghi có hành động không chuẩn mực với tư cách một tu sĩ Phật giáo và vi phạm giới luật Phật chế, ảnh hưởng đến uy tín của giáo hội, của tăng ni, phật tử...