Sau đó, ông Phan Minh Tân vẫn duyệt kinh phí đợt 2 là 700 triệu đồng cho Công ty Huy Hoàng dù trước đó công ty này chậm tiến độ.
Nhận 700 triệu đồng giải ngân, công ty này không hoàn thành dự án, cũng không hoàn trả kinh phí phải thu hồi. Kết luận của các cơ quan chức năng, dự án đã gây thiệt hại 3,2 tỉ đồng.
Ngoài ra, 1 tháng sau khi thực hiện dự án 1, ông Nguyễn Trọng Vũ tiếp tục có công văn gửi Sở Khoa học và Công nghệ TP HCM đề nghị vay 10 tỉ đồng thực hiện dự án 2.
Sau khi xét duyệt dự án, ông Phan Minh Tân ký văn bản kết luận đồng ý cho vay 10 tỉ đồng dù có nhiều ý kiến trái chiều. Tuy nhiên, sau khi nhận được giải ngân 10 tỉ đồng, ông Vũ đã xuất cảnh đi nước ngoài vào ngày 13-5-2011.
Theo kết luận của Công an TP HCM, thiệt hại trong vụ án được xác định khoảng 19,5 tỉ đồng gồm cả gốc lẫn lãi.
Tại cơ quan điều tra, ông Phan Minh Tân khai rằng biết Công ty Huy Hoàng không đủ năng lực tài chính nhưng vẫn đồng ý phê duyệt cho vay. Tuy nhiên, ông Tân và các thuộc cấp vẫn cho rằng việc cho công ty của ông Vũ vay là đúng quy định.
Công an TP HCM đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can Nguyễn Trọng Vũ về tội "Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản". Tuy nhiên, do ông này đang ở đâu không rõ, Công an TP HCM đã tạm đình chỉ điều tra, khi nào bắt được sẽ xử lý sau.