Sau khi tổ chức giải cứu 30 công dân Việt Nam ở Vũ Hán, Trung Quốc về Việt Nam vào tháng 2/2020, với phương châm “không để ai bị bỏ lại phía sau”, đến tháng 4/2020, Chính phủ cho phép thực hiện các chuyến bay giải cứu theo hình thức: công dân thuộc diện ưu tiên được về trên các chuyến bay do cơ quan Nhà nước phối hợp tổ chức thực hiện và cách ly tại cơ sở quân đội. Công dân chỉ phải trả tiền vé máy bay, không phải trả tiền chi phí cách ly (gọi tắt là chuyến bay “giải cứu”). Do kinh phí dành cho việc cách ly của người dân tại các cơ sở quân đội có hạn nên để khắc phục tình trạng này, Chính phủ đã có quy định về việc thu một số chi phí của công dân tại các cơ sở cách ly quân đội.
Việc tổ chức cách ly tại các cơ sở quân đội cho công dân nhập cảnh về nước bị giới hạn về số lượng người bởi cơ sở vật chất và khả năng đón tiếp của lực lượng quân đội. Trong khi đó, có rất nhiều công dân muốn về nước có điều kiện sẵn sàng trả chi phí cách ly tại các cơ sở dân sự. Do đó, tại cuộc họp Ban Chỉ đạo quốc gia về phòng chống dịch COVID-19 vào ngày 2/11/2020 và 13/11/2020, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam - Trưởng Ban chỉ đạo tổ chức thí điểm 10 chuyến bay công dân tự nguyện trả phí toàn bộ (gọi tắt là chuyến bay "Combo"). Sau khi tổ chức các chuyến bay thí điểm thành công, Chính phủ tiếp tục cho phép tổ chức các chuyến bay “Combo” song song với các chuyến bay “giải cứu” đến hết tháng 1/2022.
Thực hiện chủ trương nêu trên của Đảng và Nhà nước, các cơ quan chức năng đã cấp phép và đã tổ chức được trên một nghìn chuyến bay đưa hơn 200 nghìn người dân từ 62 quốc gia, vùng lãnh thổ về nước. Việc tổ chức các chuyến bay cứu hộ này là thực hiện chủ trương nhân đạo, thể hiện sự quan tâm hàng đầu của Đảng và Chính phủ Việt Nam trong công tác bảo hộ công dân, mục đích cao nhất là bảo vệ an toàn tình mạng, sức khỏe cũng như tài sản cho người dân. Chủ trương kịp thời này đã nhận được sự đánh giá cao của cộng đồng quốc tế và sự ủng hộ của đồng bào trong và ngoài nước, ghi dấu ấn ngoại giao của Việt Nam trên trường quốc tế, thể hiện tính nhân đạo của Đảng, Nhà nước.
Mặc dù trong hoàn cảnh diễn biến của đại dịch rất phức tạp, đòi hỏi việc tổ chức triển khai chủ trương nhân đạo đúng đắn của Đảng và Nhà nước ta phải được tiến hành một cách công khai, minh bạch, trách nhiệm. Tuy nhiên, quá trình triển khai thực hiện, đã có sự chồng chéo, không rõ ràng về thẩm quyền, từ đó một số cá nhân có thẩm quyền ở các bộ, ngành đã gây khó khăn, nhũng nhiễu, làm khó doanh nghiệp tổ chức chuyến bay, tạo cơ chế "xin- cho" buộc doanh nghiệp phải nâng giá vé máy bay và các chi phí phát sinh khác để “bôi trơn”, đưa hối lộ.... Cụ thể:
Tại Văn phòng Chính phủ (VPCP), một số cá nhân thuộc Vụ Quan hệ Quốc tế (QHQT) và lãnh đạo VPCP đã lợi dụng nhiệm vụ được giao, đề xuất thẳng lên lãnh đạo Chính phủ duyệt chủ trương cấp phép chuyến bay cho các doanh nghiệp, bỏ qua quy trình giám sát, đề xuất của Tổ công tác 5 Bộ trong việc thẩm định, đưa ra ý kiến đối với kế hoạch tổ chức các chuyến bay, qua đó nhận hối lộ của doanh nghiệp.
Từ tháng 10/2020 đến tháng 4/2021, VPCP chỉ là đơn vị có chức năng tham mưu, đề xuất trình lãnh đạo Chính phủ phê duyệt chuyến bay trên cơ sở đề nghị, thống nhất của Bộ Ngoại giao và Tổ công tác 4 Bộ/5 Bộ; nhưng VPCP vẫn trực tiếp tiếp nhận hồ sơ của doanh nghiệp để báo cáo lãnh đạo Chính phủ phê duyệt chuyến bay không thông qua Tổ công tác 4 Bộ/5 Bộ, tạo thế bị động cho các đơn vị tổ chức triển khai thực hiện. Trước sự việc này, Bộ Ngoại giao đã tham mưu và ngày 29/4/2021, Thủ tướng Chính phủ (TTgCP) ban hành Thông báo số 82/TB-VPCP về việc giao Bộ Ngoại giao làm đầu mối tổng hợp số lượng các chuyến bay, thống nhất trong Tổ 5 Bộ để thực hiện. Từ tháng 12/2020 đến tháng 1/2022, Bộ Ngoại giao phát hành văn bản về kế hoạch thực hiện các chuyến bay đều đề xuất lãnh đạo Chính phủ giao Bộ Ngoại giao là đơn vị chủ trì đề xuất kế hoạch cấp phép chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước trong Tổ công tác 4 Bộ/5 Bộ.
Tại Bộ Ngoại giao, với nhiệm vụ chính là bảo hộ công dân Việt Nam tại nước ngoài và quản lý danh sách công dân Việt Nam đăng ký nhu cầu về nước nhưng khi các doanh nghiệp triển khai chuyến bay "combo" được cấp phép thì một số Cơ quan đại diện Việt Nam tại nước ngoài đã không kịp thời thực hiện hết và đúng trách nhiệm bảo hộ công dân, mà còn thỏa thuận, yêu cầu doanh nghiệp chia lợi nhuận theo từng chuyến bay hoặc chi tiền theo số công dân được về nước, thu tiền của công dân vượt so với quy định. Ở trong nước, Bộ Ngoại giao là đầu mối chủ trì xin duyệt cấp phép chuyến bay cho các doanh nghiệp, nhưng một số cá nhân có nhiệm vụ, quyền hạn không chỉ nhận tiền hối lộ của các doanh nghiệp để chấp thuận cấp phép chuyến bay, mà còn gây khó khăn cho doanh nghiệp chưa chi tiền hối lộ khi triển khai các chuyến bay, gây thiệt hại rất lớn cho doanh nghiệp và người dân. Hành vi nhũng nhiễu của những cá nhân có nhiệm vụ, quyền hạn tại Bộ Ngoại giao đã tạo ra “thị trường” mua bán giấy cấp phép chuyển bay giữa doanh nghiệp với Bộ Ngoại giao và sang nhượng quyền được tổ chức các chuyến bay giữa doanh nghiệp với doanh nghiệp.
Tại Bộ Giao thông vận tải, một số cá nhân có thẩm quyền vì vụ lợi, làm trung gian môi giới hối lộ hoặc nhận hối lộ để cấp phép bay tăng số lượng công dân về nước theo phê duyệt của Tổ công tác 5 Bộ.
Tại Bộ Y tế là cơ quan được giao nhiệm vụ tham gia kiểm soát dịch bệnh và tại Cục Quản lý xuất nhập cảnh, Bộ Công an là cơ quan giải quyết thủ tục cho công dân Việt Nam ở nước ngoài nhập cảnh về nước, một số cán bộ cũng lợi dụng vai trò, chức năng, nhiệm vụ được phân công, cố ý tạo khó khăn, nhũng nhiễu để đòi hỏi, ép buộc các doanh nghiệp phải chi tiền mới chấp thuận giải quyết chuyến bay.
Tại địa phương, một số bị can tại UBND thành phố Hà Nội, tỉnh Quảng Nam..., đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn nhận tiền của đại diện các doanh nghiệp khi phê duyệt chủ trương cách ly công dân về nước. Ngoài ra, trong vụ án có 2 bị can là chủ các doanh nghiệp trong quá trình bị điều tra về hành vi "đưa hối lộ” để xin cấp phép chuyến bay, lại tiếp tục tìm cách móc nối, tiếp xúc với người có thẩm quyền tiến hành tố tụng để đưa hối lộ nhằm “chạy án”. Quá trình “chạy án” đã bị 1 cán bộ cơ quan tiến hành tố tụng lợi dụng chức vụ, quyền hạn lừa đảo, chiếm đoạt số tiền lớn.