Trong quá trình thực hiện các hoạt động theo Thoả thuận, các bên sẽ tôn trọng quyền tự chủ của các trường, các cơ sở giáo dục cao đẳng và đại học thuộc phạm vi quyền hạn của họ.
Thoả thuận hợp tác giáo dục giữa Bộ GD&ĐT Việt Nam và Bộ Giáo dục New Zealand cũng làm rõ các vấn đề như đầu mối liên hệ chỉ định, giải quyết bất đồng, thoả thuận về tài chính, bảo mật và sở hữu trí tuệ. Thoả thuận hợp tác có có giá trị trong 5 năm.