Trong số các bị cáo giữ chức vụ cao nhất ở vụ án này ông Tô Anh Dũng, cựu thứ trưởng Bộ Ngoại giao bị cáo buộc nhận hối lộ 21,5 tỉ của các doanh nghiệp. Bị cáo Phạm Trung Kiên, cựu thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế bị cáo buộc nhận hối lộ nhiều nhất trong vụ án với 253 lần nhận hối lộ với số tiền lên đến 42,6 tỉ đồng.
Bên cạnh đó, cơ quan tố tụng cũng cáo buộc, bị cáo Lê Hồng Sơn, cựu tổng giám đốc Công ty Bầu Trời Xanh và Nguyễn Thị Thanh Hằng, cựu phó tổng giám đốc đã đưa số tiền hối lộ lớn nhất trong vụ án, lên đến hơn 100 tỉ đồng. Trong đó, hai người này chi 38,5 tỉ "bôi trơn" 12 quan chức để được cấp phép 109 chuyến bay và phê duyệt cách ly tại địa phương.
Khi vụ án được điều tra, lo sợ vướng lao lý, bị cáo Hằng đã tìm đến người quen là Nguyễn Anh Tuấn (khi đó đang là phó giám đốc Công an Hà Nội) để nhờ "chạy án". Qua đó, 2 bị cáo Hằng và Sơn đã đưa hối lộ 2,65 triệu USD (tương đương hơn 61 tỉ) cho cựu phó giám đốc Công an TP Hà Nội Nguyễn Anh Tuấn để nhờ Hoàng Văn Hưng (khi đó trưởng Phòng điều tra của Cục An ninh điều tra - Bộ Công an) giúp "chạy án". Tuy nhiên, bị cáo Hưng đã đưa ra thông tin không đúng thực tế nên bị cơ quan tố tụng cáo buộc về hành vi lừa đảo chiếm đoạt tài sản.
Ngoài các bị cáo nêu trên, cơ quan tố tụng còn cáo buộc bị cáo Nguyễn Thị Hương Lan, cựu cục trưởng Cục Lãnh sự, nhận hối lộ hơn 25 tỉ đồng; Đỗ Hoàng Tùng, cựu phó cục trưởng Cục Lãnh sự, nhận hơn 12 tỉ đồng; Nguyễn Quang Linh, cựu trợ lý Phó thủ tướng Thường trực Chính phủ, nhận hơn 4 tỉ đồng; Vũ Anh Tuấn, cựu phó trưởng Phòng tham mưu (Cục Quản lý Xuất nhập cảnh, Bộ Công an) nhận hơn 27 tỉ đồng; Chử Xuân Dũng, cựu phó chủ tịch UBND TP Hà Nội, nhận hơn 2 tỉ đồng; Trần Văn Tân, cựu phó chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam, nhận 5 tỉ đồng…
Theo khoản 4 Điều 354 - Bộ Luật hình sự, phạm tội thuộc một trong các trường hợp sau đây, thì bị phạt tù 20 năm, tù chung thân hoặc tử hình:
a) Của hối lộ là tiền, tài sản hoặc lợi ích vật chất khác trị giá 1.000.000.000 đồng trở lên;
b) Gây thiệt hại về tài sản 5.000.000.000 đồng trở lên.
5. Người phạm tội còn bị cấm đảm nhiệm chức vụ nhất định từ 01 năm đến 05 năm, có thể bị phạt tiền từ 30.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng, tịch thu một phần hoặc toàn bộ tài sản.
6. Người có chức vụ, quyền hạn trong các doanh nghiệp, tổ chức ngoài Nhà nước mà nhận hối lộ, thì bị xử lý theo quy định