Bộ trưởng Nguyễn Mạnh Hùng lãnh đạo, quản lý toàn diện mọi hoạt động của Bộ, trực tiếp chỉ đạo Vụ Tổ chức cán bộ. Thứ trưởng Phạm Đức Long phụ trách các lĩnh vực liên quan đến CNTT, chuyển đổi số trong khi Thứ trưởng Nguyễn Huy Dũng phụ trách viễn thông, internet, tần số vô tuyến điện.