Việc xét tuyển thẳng, ưu tiên xét tuyển vào cơ sở giáo dục đại học trong nước, cử đi đào tạo tại cơ sở giáo dục đại học ở nước ngoài của học sinh trường chuyên được thực hiện theo quy định của Bộ GD&ĐT.
Việc tuyển sinh vào lớp đầu cấp thực hiện theo quy định tại Quy chế tuyển sinh trung học cơ sở và tuyển sinh trung học phổ thông do Bộ GD&ĐT ban hành; bảo đảm lựa chọn được học sinh có tư chất thông minh, đạt kết quả tốt trong rèn luyện và học tập ở cấp THCS, đủ năng lực học tại trường chuyên.
Trường chuyên thuộc tỉnh, hàng năm Sở GD&ĐT trình UBND cấp tỉnh phê duyệt kế hoạch tuyển sinh của trường. Trường chuyên thuộc cơ sở giáo dục đại học, hàng năm, hiệu trưởng trình hội đồng trường của cơ sở giáo dục đại học quản lý trường chuyên phê duyệt kế hoạch tuyển sinh.
Chậm nhất 60 ngày trước khi tổ chức thi tuyển, trường chuyên thông báo công khai kế hoạch tuyển sinh trên cổng thông tin điện tử của cơ quan quản lý trường chuyên và của trường chuyên.
Về tổ chức thi tuyển, Sở Giáo dục và Đào tạo (đối với trường chuyên thuộc tỉnh), cơ sở giáo dục đại học (đối với trường chuyên thuộc cơ sở giáo dục đại học): Quy định môn thi, hình thức thi và thời gian làm bài của mỗi môn thi theo từng môn chuyên; hệ số điểm bài thi (nếu có), điểm xét tuyển; ban hành quyết định thành lập các hội đồng ra đề thi, coi thi, chấm thi, phúc khảo; phê duyệt danh sách học sinh trúng tuyển vào trường chuyên.
Việc tổ chức ra đề thi, coi thi, chấm thi, phúc khảo được vận dụng theo quy định tại Quy chế thi tốt nghiệp trung học phổ thông hiện hành. Kết quả tuyển sinh được thông báo công khai trên cổng thông tin điện tử của cơ quan quản lý trường chuyên và cổng thông tin điện tử của trường chuyên chậm nhất 3 ngày so với ngày công bố kết quả trúng tuyển.
Hệ thống trường chuyên bao gồm trường chuyên thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và trường chuyên thuộc cơ sở giáo dục đại học. Mỗi tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có ít nhất 1 trường chuyên.
Trường chuyên thuộc tỉnh do sở GD&ĐT quản lý. Trường chuyên thuộc cơ sở giáo dục đại học do cơ sở giáo dục đại học quản lý về công tác tổ chức, đội ngũ giáo viên, cơ sở vật chất, tài chính và tuyển sinh; chịu sự quản lý của sở GD&ĐT nơi trường đặt trụ sở về thực hiện chương trình, kế hoạch giáo dục, tổ chức thi tốt nghiệp, cấp bằng tốt nghiệp.