Azerbaijan trước đây cũng thể hiện sự dè chừng với ông Vardanyan, coi cựu quan chức phe ly khai là "trở ngại" với hòa bình trong khu vực. Ngoài ra, mối quan hệ của ông Vardanyan với Thủ tướng Armenia, Nikol Pashinyan, cũng không còn mặn mà, do các bất đồng liên quan đến vai trò của lực lượng gìn giữ hòa bình Nga trong khu vực.
Lực lượng biên phòng Azerbaijan cho biết, ông Vardanyan đã bị đưa về thủ đô Baku và bàn giao cho các cơ quan hữu quan khác.
Nagorno-Karabakh được quốc tế công nhận là một phần của Azerbaijan nhưng phần lớn người sống ở khu vực này là người dân tộc thiểu số Armenia có tư tưởng ly khai khỏi Azerbaijan. Armenia và Azerbaijan đã tranh giành quyền kiểm soát khu vực này trong nhiều thập kỷ, với ít nhất 2 lần xung đột lớn.
Sau khi phe ly khai ở Nagorno-Karabakh đầu hàng quân đội Azerbaijan vào tuần trước, nhiều người Armenia ở Nagorno-Karabakh đã bỏ trốn bằng các phương tiện cá nhân, xe tải, làm tắc nghẽn con đường núi ngoằn ngoèo dẫn đến Armenia.
Chính quyền ly khai (tự xưng) ở Nagorno-Karabakh cho biết, tới nay, có hơn 50.000 người đã rời đi. Phát biểu tại cuộc họp của Liên Hợp Quốc ngày 28/9, Ngoại trưởng Azerbaijan Jeyhun Bayramov cho biết, nước này quyết tâm đảm bảo cho người dân ở Nagorno-Karabakh "mọi quyền và sự tự do" phù hợp với hiến pháp của đất nước và các nghĩa vụ của nhân quyền quốc tế, bao gồm các biện pháp bảo vệ các nhóm dân tộc thiểu số.