Theo kinh nghiệm của người dân, ba kích có rễ to, mập, cùi dày, màu tía là loại tốt. Rễ sau khi đào lên rửa sạch đất, loại bỏ rễ con. Phơi gần khô dùng chày gỗ đập nhẹ cho bẹp phần thịt (tránh giập nát) để lộ lõi nhỏ bên trong rút bỏ lõi, rồi phơi hoặc sấy tiếp cho thật khô sau đó cắt thành từng đoạn ngắn. Ba kích ngâm cùng rượu gạo hoặc rượu nếp, chừng hơn 30 ngày là có thể uống được, để càng lâu rượu càng đặc, càng ngọt.
Nét đặc thù của rượu ba kích là khi ngâm lâu, rượu chuyển sang màu xanh tím, uống có mùi thơm ngậy. Trong đông y ba kích thường được phối hợp với các vị thuốc khác để ngâm rượu hoặc sắc uống tuỳ bệnh mà thầy thuốc sẽ bắt mạch và kê đơn cho phù hợp.
Một trong những điều cần lưu ý khi sử dụng ba kích là người âm hư, hỏa thịnh, đại tiện táo bón cấm dùng.