Ngoài ra, từ ngày 9-2-2018 đến 7-10-2022, bị can này chỉ đạo lập khống 916 hồ sơ vay vốn để từ đó tham ô, chiếm đoạt của SCB số tiền hơn 304.096 tỉ đồng.
Để che giấu thực trạng tài chính yếu kém, các sai phạm có thể bị phát hiện qua thanh tra cũng như để SCB không bị đưa vào diện kiểm soát đặc biệt và được tiếp tục tái cơ cấu, Trương Mỹ Lan đã gặp, trao đổi với Đỗ Thị Nhàn - Cục trưởng Cục Thanh tra, giám sát Ngân hàng II Ngân hàng Nhà nước; là trưởng đoàn thanh tra hoạt động ngân hàng này. Cùng với đó, chỉ đạo cấp dưới tiếp xúc đặt vấn đề đưa tiền, quà bồi dưỡng cho các thành viên đoàn thanh tra.
Cơ quan tố tụng xác định từ tháng 4-2016 đến ngày 1-10-2018, Phó Chánh thanh tra phụ trách Cơ quan Thanh tra, Giám sát Ngân hàng Nhà nước Nguyễn Văn Hưng đã nhiều lần nhận quà là tiền từ lãnh đạo SCB với tổng cộng 390.000 USD (tương đương 8,7 tỉ đồng). Bà Đỗ Thị Nhàn nhận hối lộ của SCB với số tiền 5,2 triệu USD. Các thành viên đoàn thanh tra nhận tiền của SCB từ 1.000 - 21.000 USD cùng nhiều lợi ích vật chất khác.
Sau khi nhận tiền, trong báo cáo về kết quả thanh tra tại SCB của Ngân hàng Nhà nước trình bày với Chính phủ, 2 bị can Nguyễn Văn Hưng, Đỗ Thị Nhàn đã chỉ đạo thành viên đoàn chỉ nêu chung chung, không ghi số liệu trung thực, không đưa thực trạng tài chính yếu kém của SCB. Mục đích để giảm nhẹ, "làm mờ" cho các sai phạm của SCB...
Trong số các bị can có 41 cựu lãnh đạo, cán bộ SCB; 15 cựu cán bộ Ngân hàng Nhà nước; 3 cựu cán bộ Thanh tra Chính phủ; một cựu cán bộ Kiểm toán Nhà nước...
Bị can Nguyễn Cao Trí, Chủ tịch HĐQT Công ty Văn Lang và Công ty Capella, bị truy tố tội "Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản". Cơ quan tố tụng cáo buộc bị can Trí nhiều lần nhận tiền của bị can Trương Mỹ Lan, gần 1.000 tỉ đồng, thông qua 3 hình thức là chuyển nhượng 65% vốn điều lệ Công ty Cao su Công nghiệp, mua 100% vốn điều lệ Công ty Sài Gòn Đại Ninh và đầu tư dự án tại huyện Hải Hà, tỉnh Quảng Ninh.
Tuy nhiên, sau khi bị can Trương Mỹ Lan bị bắt, bị can Nguyễn Cao Trí chỉ đạo trợ lý soạn thảo các văn bản điều chỉnh giá và thanh lý toàn bộ hợp đồng chuyển nhượng đã ký trước đó. Mục đích làm việc này là nhằm xóa bỏ quyền sở hữu tại Công ty Văn Lang của bị can Lan để chiếm đoạt gần 1.000 tỉ đồng.