Khoảng 6h40 ngày 21/4/2021, do vẫn bực tức về việc bị anh Tuấn lập biên bản và đánh nhau hôm trước nên trước khi đi làm, Khoa mang theo hai con dao, một dao bầu và một dao nhọn với ý định trả thù đồng nghiệp. Khoa cho hai con dao vào túi quần rồi đến phòng bảo vệ (cổng số 2) Trường Well Spring.
Tại đây, Khoa yêu cầu anh Tuấn xin lỗi mình việc va chạm hôm trước nhưng anh Tuấn không đồng ý. Khoa đã dùng dao bầu đâm vào ngực anh Tuấn.
Đâm xong, Khoa ôm ghì đồng nghiệp từ phía sau để găm con dao vào người anh Tuấn.
Cùng thời điểm, hai nhân viên khác cùng trong tổ bảo vệ đã kịp thời khống chế Khoa, tước đoạt con dao bầu và giải cứu anh Tuấn. Sau khi thoát khỏi sự khống chế, Khoa tiếp tục lấy con dao gọt hoa quả từ trong túi quần ra chĩa về phía anh Tuấn đe doạ “Hôm nay tao sẽ giết mày”. Tuy nhiên, do những người trong tổ bảo vệ kịp thời ngăn chặn nên Khoa bỏ về.
Sau đó, anh Tuấn được mọi người kịp thời đưa đi cấp cứu tại bệnh viện nên bảo toàn được tính mạng. Kết quả giám định xác định, anh Tuấn bị tổn hại 43% sức khoẻ. Về phía Khoa, sau khi gây án, đối tượng về nhà cất hung khí và đến Công an phường Bồ Đề đầu thú, khai nhận hành vi phạm tội.
Quá trình điều tra, anh Tuấn đề nghị cơ quan tố tụng xử lý nghiêm hành vi phạm tội của Khoa, đồng thời yêu cầu bị cáo phải bồi thường số tiền 65 triệu đồng, là chi phí phẫu thuật tổn hại sức khoẻ, tinh thần và ba tháng nghỉ việc.
Trước khi phiên toà diễn ra, gia đình Nguyễn Đức Khoa đã bồi thường cho bị hại được 13 triệu đồng. Ngoài hình phạt 13 năm tù về tội "Giết người, Toà án nhân dân thành phố Hà Nội còn buộc bị cáo Khoa phải bồi thường về dân sự cho bị hại theo quy định của pháp luật.