Tuy nhiên, việc triển khai các văn bản quy phạm pháp luật của Bộ GD&ĐT còn vấp phải một số khó khăn như kinh phí cho công tác soạn thảo văn bản còn hạn chế.
Đối với nhiệm vụ soạn thảo văn bản của Bộ GD&ĐT quý II năm 2023, đại diện Vụ Pháp chế đề xuất một số kiến nghị như: Các đơn vị tiếp tục lấy ý kiến đóng góp của các tổ chức, cá nhân có liên quan của dự án, dự thảo; làm việc với chuyên gia, các nhà khoa học dưới các hình thức thích hợp. Đồng thời, khi soạn thảo văn bản cần có sự phối hợp tốt giữa các đơn vị, cơ quan có liên quan đảm bảo thời gian góp ý, thẩm định văn bản...
Ghi nhận kết quả bước đầu và khó khăn khi thực hiện công tác pháp chế quý I năm 2023, Thứ trưởng Nguyễn Văn Phúc yêu cầu Vụ Pháp chế tổng hợp ý kiến thảo luận của đại diện các Cục, Vụ trong buổi làm việc theo các nhóm vấn đề; có thống kê cụ thể. Đồng thời, Thứ trưởng đề nghị các đơn vị tiếp tục quan tâm, đẩy nhanh tiến độ, đảm bảo về mặt thời gian hoàn thành các văn bản quy phạm pháp luật.