Tuy nhiên, Bộ Tài chính cho rằng: Với mô hình Cục thực hiện chức năng tham mưu cho Tổng cục (cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành), một số thẩm quyền liên quan đến công tác thanh tra, kiểm tra vẫn bị hạn chế như: Cục trưởng không có thẩm quyền ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra khi phát hiện dấu hiệu vi phạm, không có thẩm quyền ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
Ngày 14/11/2022, Luật Thanh tra số 11/2022/QH15 đã được Quốc hội thông qua. Luật gồm 8 chương với 118 điều quy định về tổ chức và hoạt động thanh tra, có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2023, trong đó quy định cho phép thành lập Thanh tra Tổng cục.
Thanh tra Tổng cục có Chánh Thanh tra, thực hiện lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra công tác thanh tra trong phạm vi quản lý của Tổng cục. Lãnh đạo Thanh tra Tổng cục thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định của Luật Thanh tra và quy định khác của pháp luật có liên quan; được quyết định việc thanh tra khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật và xử phạt vi phạm hành chính hoặc kiến nghị người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính.
Theo Bộ Tài chính, với mô hình và chức năng nhiệm vụ độc lập nêu trên, Thanh tra Tổng cục Thuế sẽ có điều kiện để thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành trong lĩnh vực thuế đảm bảo nâng cao hiệu lực, hiệu quả trong quản lý nhà nước, đáp ứng đầy đủ cơ sở pháp lý và phù hợp với tình hình thực tiễn của cơ quan quản lý thuế.
“
Số lượng công chức làm công tác thanh tra – kiểm tra thuế thuộc hệ thống thuế là gần 10.000 cán bộ, công chức (chưa tính bộ phận kiểm tra tại các chi cục thuế).
Về tổ chức bộ máy, Bộ Tài chính dự kiến tổ chức Thanh tra Tổng cục Thuế gồm 7 phòng gồm: (1) Phòng Tổng hợp; (2) Phòng Thanh tra – Kiểm tra giá chuyển nhượng; (3) Phòng Thanh tra – Kiểm tra thuế số 01; (4) Phòng Thanh tra – Kiểm tra thuế số 02; (5) Phòng Xử lý sau thanh tra; (6) Phòng Thanh tra – Kiểm tra giải quyết tố cáo và Phòng chống tham nhũng, tiêu cực; (7) Phòng giải quyết khiếu nại và giám sát thanh tra, kiểm tra.
