Phó Thủ tướng yêu cầu Bộ Kế hoạch và Đầu tư chịu trách nhiệm toàn diện đối với kết quả thẩm định điều chỉnh chủ trương đầu tư Dự án; chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính và các cơ quan có liên quan cân đối, bố trí đủ vốn ngân sách trung ương để triển khai dự án theo đúng quy định.
Bộ Giao thông Vận tải tiếp nhận bàn giao để quản lý, khai thác đối với tuyến chính, nút giao trên tuyến chính và các công trình trên tuyến chính, công trình thuộc nút giao trên tuyến chính sau khi dự án hoàn thành.
UBND tỉnh Tuyên Quang, UBND tỉnh Phú Thọ tiếp nhận để quản lý, khai thác đối với đường gom, đường hoàn trả, cầu vượt qua cao tốc, đoạn nối từ đường Hồ Chí Minh đến nút giao IC9 và các công trình trên tuyến theo địa giới hành chính sau khi dự án hoàn thành.
Cao tốc Tuyên Quang - Phú Thọ kết nối với cao tốc Nội Bài - Lào Cai có tổng chiều dài khoảng 40 km. Trong đó, đi trên địa phận tỉnh Tuyên Quang khoảng 11,6 km, đi trên địa phận tỉnh Phú Thọ khoảng 28,6 km.