Trong đó, có trường chưa đủ điều kiện thực hiện tự chủ nhưng vẫn tự chủ mở ngành đào tạo. Xác định chỉ tiêu tuyển sinh , tổ chức tuyển sinh các trình độ chưa đúng quy định, chưa đảm bảo các điều kiện mở ngành, duy trì ngành đào tạo; chưa đảm bảo chuẩn chương trình đào tạo tổ chức quản lý đào tạo các trình độ, các phương thức đào tạo thiếu chặt chẽ, không đảm bảo khối lượng giảng dạy; hồ sơ quản lý văn bằng, chứng chỉ chưa đúng, chưa cập nhật đầy đủ thông tin và ký chứng chỉ sai thẩm quyền.
Một số trường chưa thực hiện công khai hoặc công khai không đầy đủ theo quy định, đặc biệt là thông tin về các điều kiện đảm bảo chất lượng, học phí, tuyển sinh, thông tin về văn bằng, chứng chỉ.
Một số tồn tại khác như Hội đồng trường chưa kiện toàn thành phần theo quy định, chưa xây dựng, phê duyệt đề án vị trí việc làm; chưa kịp thời kiện toàn ban giám hiệu... Vi phạm trong việc quyết toán kinh phí đề tài; trích kinh phí quản lý đề tài chưa đúng quy định; thiết bị khoa học công nghệ có giá trị lớn nhưng không đưa vào sử dụng; đề tài nghiên cứu chưa đúng tiến độ, chưa đạt mục tiêu...
Bên cạnh đó, thanh tra của 12 sở GD&ĐT cũng đã phát hiện sai phạm và xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giáo dục với tổng số tiền 518,5 triệu đồng đối với 51 đơn vị/tổ chức.
Nội dung sai phạm mà các sở phát hiện tập trung vào việc tuyển sinh không đúng quy định, thực hiện chế độ chính sách cho cán bộ quản lý, nhà giáo, người học không đúng quy định.
Ngoài ra còn có vi phạm về sử dụng nhà giáo của các trung tâm ngoại ngữ, mua và sử dụng văn bằng không hợp pháp, tổ chức các khoản thu chi không đúng quy định và thành lập cơ sở giáo dục mầm non trái phép...